阿笠博士帶柯南和少年偵探團(tuán)去伊豆的海水浴場(chǎng)游玩，無(wú)意中聽到了當(dāng)?shù)氐臐O夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭(zhēng)吵，雙方還約定晚上8點(diǎn)餐廳里見。但荒卷卻遲遲沒有出現(xiàn)最后被發(fā)現(xiàn)死在了沙灘上。在現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查之時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)船上留下的紐扣的疑點(diǎn)，而死者滿是劃痕的手機(jī)使柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的真實(shí)名目，但是犯人的殺人動(dòng)機(jī)又是什么呢？

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無(wú)法抓到兇手。這時(shí)，君惠說(shuō)她有今年祭典購(gòu)買號(hào)碼牌的名冊(cè)，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊(cè)死在倉(cāng)庫(kù)的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時(shí)柯南打來(lái)電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？

雖然對(duì)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了調(diào)查，但警方無(wú)論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無(wú)策之時(shí)，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認(rèn)同，就在警方準(zhǔn)備以自殺結(jié)案時(shí)，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯(cuò)，真正的工藤新一登場(chǎng)，在進(jìn)行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……

柯南在調(diào)查橘律師釣魚的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說(shuō)出熊田達(dá)也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達(dá)也的發(fā)法。而兇手也主動(dòng)承認(rèn)了罪行并道出了殺人的理由。

雖然可以確定兇手就是大場(chǎng)先生，但是還有兩個(gè)疑點(diǎn)未能破解，就在新一深入調(diào)查的時(shí)候，他的身體突然一陣疼痛，藥物正在漸漸失效，他強(qiáng)忍住即將變小的身體所帶來(lái)的痛苦，堅(jiān)持將案件的真相公諸于眾，案件完美解決之后，新一又變回了柯南，再次的突然離開，他將如何向小蘭解釋？