放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？

小蘭和園子去吃帶上小學(xué)生才能打折的巨龍之山奶油圣代。柯南覺(jué)得無(wú)聊去商場(chǎng)廁所時(shí)看到了高木、千葉和5歲的人質(zhì)結(jié)誠(chéng)佳代子的媽媽。柯南去地下停車場(chǎng)解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當(dāng)人質(zhì)劫車帶走。小蘭找來(lái)了毛利小五郞救柯南。車上，柯南得知大嶺在涉谷開(kāi)搶殺了柔道黑段、經(jīng)常拖欠工人工資而引發(fā)金錢糾紛的恩田和美。原因是替開(kāi)發(fā)過(guò)許多游戲卻沒(méi)得到應(yīng)得數(shù)目的工資的朋友金山報(bào)仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對(duì)柯南開(kāi)槍，大嶺救了柯南，柯南找來(lái)阿笠博士幫忙掩護(hù)。在毛利的調(diào)查中，幕后嫌疑人有三個(gè)。。。

柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的時(shí)候，將事情的來(lái)龍去脈全部告訴了灰原，沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，高木警官趕來(lái)辦案，柯南詢問(wèn)后得知這家酒店里的一家藝人事務(wù)所社長(zhǎng)被人槍殺，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因?yàn)椴荒鼙┞渡矸荩运邮軅捎崟r(shí)支支吾吾的表現(xiàn)更顯可疑，于是，柯南打電話給茱蒂老師讓她前來(lái)解圍。

簡(jiǎn)單問(wèn)過(guò)案情之后，小五郎隨警方來(lái)到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？

步美發(fā)現(xiàn)圖書(shū)館的書(shū)被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書(shū)卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。