關(guān)西的名高中生偵探服部平次，為了合氣道比賽而來到帝丹高中。工藤新一與平次雖然沒見過彼此，在心里卻把對方當(dāng)成對手，可是表面上又裝出完全不在乎對方的樣子。後來平次在去帝丹高中的路上碰到搶匪，與毛利蘭一起在回家途中的新一，也一起幫忙追搶匪。後來是靠新一踢足球擊中搶匪，不過也同時(shí)打破一間民宅的玻璃，而里面還傳出女人的凄厲尖叫聲...

少年偵探團(tuán)，在機(jī)緣巧合下和最受歡迎組合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會的會場。后來在餐廳外，歹徒當(dāng)著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團(tuán)拿著TWO-MIX最新的歌曲練習(xí)帶去交換人質(zhì)，歹徒在電話里讓少年偵探團(tuán)把警察甩掉并讓步美一人前去，于是柯南和步美調(diào)換身份。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無頭緒的現(xiàn)場在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？