元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發(fā)現(xiàn)了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現(xiàn)了本不該在這個季節(jié)出現(xiàn)的甲蟲，為了進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅(qū)車趕往群馬，在這里他們認(rèn)識了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當(dāng)?shù)弥拙粴⒌南⒑螅總€人都連忙推卸，但根據(jù)目前掌握的線索，兇手一定就在他們?nèi)酥小?/p>

某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務(wù)，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進(jìn)行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當(dāng)晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場的警察從下鴨當(dāng)時拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因為他母親的胸口就有一顆痣。

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會有什么樣的行動？

在園子的邀請下，小蘭和少年偵探隊來到奧谷湖舉辦的釣魚大賽，還在這里認(rèn)識了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔(dān)任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結(jié)束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發(fā)生了爭吵，沒想到第二天上午，就在園子等人釣魚的附近，發(fā)現(xiàn)了船木的尸體，警方立刻介入調(diào)查，水井說半年前也曾有人死在那里，柯南認(rèn)為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內(nèi)沒有打開，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對？