對時鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時鐘的零點(diǎn)報時后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報時的大時鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕蟪鸲鴼⑷说氖聦?shí)。

小蘭和小五郎按照指示來到了車站，就在這時阿波羅發(fā)現(xiàn)了在車站里奇怪的男人并得到了接下來的線索U字。之后小蘭一行來到了接下來的提示的瓷器店而這時阿波羅和母親一起離開剩下小五郎和小蘭繼續(xù)尋找線索。第二天在警方的要求下小蘭眾人繼續(xù)破解沒有完全解開的暗號，而就在眾人解開暗號來到會場之后，柯南發(fā)現(xiàn)賽場上的米奈芭有些不對勁！

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因?yàn)槟_底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進(jìn)行偵訊，每個人都沒有不在場的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當(dāng)大伙兒再次來到菜園進(jìn)行現(xiàn)場調(diào)查時，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來，沒過一會，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場找到玻璃球的柯南等人也趕來宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動，這時，養(yǎng)子知晃說起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒想到魔犬再次出現(xiàn)。

園子的網(wǎng)球教練后藤貴雄即將參加比賽，為了給他加油打氣，園子和小蘭來到了北輕井沢，柯南去廁所的時候，發(fā)現(xiàn)后藤與兩名女生糾纏不清。沒想到他在和園子進(jìn)行男女混合雙打時突然昏倒在球場上，警方介入調(diào)查并初步斷定后藤被人下了毒，由于鑒識人員在園子手套上檢測出毒物反應(yīng)，所以山村警官認(rèn)定園子就是兇手，為幫園子洗清冤屈，柯南又會有何行動？