為調(diào)查真相，柯南又重返兩個(gè)案發(fā)現(xiàn)場，沒想到會(huì)有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識(shí)人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個(gè)東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時(shí)所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……

放學(xué)后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個(gè)陌生男子，他說自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個(gè)男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認(rèn)為鸚鵡一定被這個(gè)男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開了調(diào)查，沒想到事實(shí)真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會(huì)有生命危險(xiǎn)？

當(dāng)小五郎準(zhǔn)備再度去詢問南里薰，卻在門外聽到她的慘叫，還不等小五郎沖進(jìn)去，就從屋子里匆忙跑出了一個(gè)男子，幸運(yùn)的是南里薰并沒有被殺害，醒來之后，南里薰說起了自己突然消失的男朋友安西，從小五郎的照片上可以看出，這個(gè)人也曾出現(xiàn)在米花飯店，這些原本不相識(shí)的人，因?yàn)檫@件古怪的命案被聯(lián)系了起來，柯南將安西、南里薰和美奈子一起找來，這兩起經(jīng)過完美設(shè)計(jì)的命案，即將真相大白！

小蘭班上轉(zhuǎn)來了一個(gè)與水無很相像的男孩子本堂瑛祐，這不禁讓柯南提高了警惕，見面之后，柯南發(fā)現(xiàn)他只是一個(gè)極度迷糊的少年，也放下了心來，這時(shí)，事務(wù)所來了一個(gè)叫三角篤的男人，他委托小五郎找和自己吵架而消失的伴侶， 在柯南的提醒下，大家來到了他們初次相識(shí)的群馬滑雪場，沒想到他的伴侶居然在密閉的車內(nèi)死亡，雖然狀似自殺，但柯南認(rèn)為這是他殺案件，而兇手就是……

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)別館的地下居然是一個(gè)巨大的迷宮，大家團(tuán)結(jié)一致將衣服拆開，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時(shí)間只有三個(gè)小時(shí)，這時(shí)，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來，這時(shí)，時(shí)鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>