柯南他們在一家新開的飯店吃飯時，碰巧遇到了參加聯誼的高木和佐藤警官，然而，在聯誼進行的同時，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據彩和她弟弟將史的說法，警察將目標鎖定在將史的三個朋友之中，可是，經過一一調查卻并沒有發現有何異樣，難道犯人不在他們之中？

小五郎和柯南去拜訪人氣作家梅津修時，撞見了他的兒子與他發生爭吵的畫面，為了避嫌他們就暫時離開，可是到了傍晚，梅津修卻被人毒死家中，他的手中還拿著一個顛倒的笏，就在他們解謎死亡訊息時，目暮警官和兩個關系人也匆忙趕來，警方還在死者兒子是的身上搜到了毒藥，本以為一切就此結束，柯南卻發現了新的線索，他將小五郎麻醉，說出了事情的真相。

阿笠博士帶著少年偵探隊來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結識了因同學會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進行尋寶時，卻發現那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當做重要關系人接受調查，根據少年偵探隊所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。

在這期間柯南還遇到了茱蒂老師，他將自己竊聽到黑衣組織計劃在IDP的地方殺一個叫DJ的人的事告訴了她，茱蒂說今天下午水無將采訪三個首次參加眾議院選舉的人，DJ一定就是其中之一，就在柯南焦頭爛額的推理IDP在哪里時，茱蒂一句話提醒了他，于是他讓博士驅車前往杯戶公園，此時，水無已經開始了采訪，柯南和茱蒂火速趕往現場，他們能阻止暗殺事件的發生嗎？

警方對酒廠的所有人一一進行偵訊后，卻并沒有發現時什么異常，但柯南卻提出了兩個疑點，即兇手為什么要把尸體搬走，又為什么在兩天之后暗中告訴警方尸體的位置。為了思考這兩個問題，柯南想破了腦袋，直到他從換班休息的酒廠老員工哲田那里得知了以前的事情，隨后他冒充小五郎打電話給警方，讓他們調查一件事情，結果正好證實了他的想法，兇手一定就是那個人！