最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

卡卡西沒有留給博人反抗的機會，他指出博人缺少忍者的覺悟，并直言忍者學校的眾人全都沒有真正重視忍者這個職業，而這全都是受到了博人的影響。巳月和巖部趕到后救走了博人，卡卡西的話讓博人非常自責，但同伴們卻認為博人帶給自己的更多是積極的一面，在同伴們的鼓勵下博人重新振作了起來，新一輪的攻防開始了。

蝶蝶和新希的比賽開始了，可以隨意控制鐵砂的新希擁有強橫的實力，蝶蝶即便使出全力也無法傷其分毫。下一場是鹿臺對戰博人，賽前鹿丸和手鞠囑咐鹿臺要取得勝利，本打算放棄作弊的博人聽到后改變了想法，善于運用頭腦的鹿臺將博人逼入了絕境，不肯認輸的博人再次使用了科學忍具。

曹操（鮑國安飾）只身前往陳留，拉起一支隊伍，推袁紹為盟主，聯合十七鎮諸侯討伐董卓。劉關張也參與了這次討伐。曹操、袁術等八路諸侯與呂布對峙于汜水關，呂布部將華雄殺得聯軍損兵折將。這時，擔任馬弓手的關羽請求上陣，并將華雄斬殺。曹操大喜，犒賞劉關張。八路諸侯乘勝出擊，劉關張三人合戰呂布，群雄圍攻，呂布大敗，逃至虎牢關上。