游戲公司社長(zhǎng)的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購(gòu)物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時(shí)，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車擺脫了警方的追擊，帶柯南來(lái)到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開(kāi)始懷疑這個(gè)為自己負(fù)傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！

案件終于有了眉目，就在柯南和大和針對(duì)謎題展開(kāi)討論時(shí)，高明從昏迷中蘇醒，三人一起計(jì)劃了一出空城計(jì)。他們故意對(duì)三個(gè)嫌疑人放出關(guān)鍵信息，引誘他前去直木司郎家找重要的證據(jù)，果然不所料兇手暗中潛伏在直木司郎家附近，為了讓狡猾的他放松警惕，柯南聯(lián)合小蘭、大和等人上演了一場(chǎng)能證明周遭沒(méi)有警察的犯罪戲碼，引誘兇手自投羅網(wǎng)。

從昏迷中醒來(lái)的陽(yáng)菜趁父母爭(zhēng)吵之際悄悄溜出醫(yī)院，按照歹徒的指示去拿彩虹之子，而這一切都在柯南的預(yù)計(jì)范圍內(nèi)，他讓服部暗中進(jìn)行追蹤，期間，小蘭用她撿到的步美的徽章聯(lián)系上了少年偵探團(tuán)并暗示她所在的地點(diǎn)，雖然歹徒發(fā)現(xiàn)了服部等人，但柯南還是找到了陽(yáng)菜和歹徒要去的地方，見(jiàn)勢(shì)不妙想要逃跑的歹徒被得到救援的小蘭一招制服，然而，幕后的指使者卻另有其人。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開(kāi)詢問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

為了陪光彥把壓歲錢存進(jìn)賬戶，柯南、步美和灰原等人一起來(lái)到帝都銀行，可元太因?yàn)槌蕴辔竿戳似饋?lái)，就在博士和灰原外出買藥期間，一波帶著面具的搶匪突然闖進(jìn)銀行，前來(lái)取錢的茱蒂老師以及一名貌似赤井秀一的人也成為了他們的人質(zhì)，雖然茱蒂用美人計(jì)在廁所獨(dú)立擊倒一名搶匪，卻不幸被同伙發(fā)現(xiàn)，事已至此，少年偵探團(tuán)成為了將徒制服的唯一希望！