在收集線索時，柯南并沒有像以前一樣提出很多的質疑，反而竭盡全力的反駁服部的推測，之后他們在某個房間里發現了本不該出現在這里的拖把，有了這樣東西，兇手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的這種猜測，于是他想要找到能推翻自己想法的證據，然而，事與愿違，越是深究事情就越是向自己不愿承認的方向發展，面對如此不可置信的真相，柯南又該作何選擇？

打算盜取鈴木財閥家的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關于鐘臺的一個事件，那是工藤新一和怪盜基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事務所里收到一封附有支票的不明發信人的信函，并且在其上方還有一行奇怪的話語。

柯南等人循著灰原留下的記號一路尋找，因為兇手就在同行的三名獵人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號，躲在叢林里期望柯南能有所行動制服兇手。柯南果然不負眾望，破解了灰原留下的暗號，正準備麻醉兇手時，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

死者是奈緒子，柯南和服部在案發現場發現了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時，君惠說她有今年祭典購買號碼牌的名冊，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發生，君惠為找名冊死在倉庫的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動，服部發現了新的線索，正巧此時柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險為夷？

小五郎等人為了品嘗當地出產的優良啤酒，便來到了有森旅館。在那里碰到了前來視察娛樂場所企業家城完英彥跟他的妻子演員備前千鶴。但夫妻的氣氛卻有些意外的尷尬。備前千鶴對飯店里的料理百般挑剔，態度非常惡劣。次日小蘭和柯南眾人去郊外燒烤。夜間，眾人回到旅館之后丈夫英彥發現千鶴一直鎖在房間里不出來，進去之后發現千鶴竟已經死亡！