小蘭找來醫生時，卻發現柯南不見了，她四處尋找來到了犯罪現場，而服部已經開始了對兇手的指認，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動承認，這時，工藤新一出現，他推翻了服部的推測，并對兇手重新指認，服部甘愿認輸，警方帶走兇手后，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說句話就躲了起來變回柯南，休息了三天后，他意識到老白干是讓他恢復原形的方法。

柯南離開時雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團卻私自行動，并利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報警的時候被歹徒發現。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習帶的目的后，歹徒惱羞成怒點燃屋內的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

毛利偵探事務所來個叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調查一個叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復仇，他趕緊打電話給小五郎，當大家趕北川住處時，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復仇。

小五郎應畫家花岡之邀前來談話，可是等了許久仍沒見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時花岡出現，與此同時，另一位住在對面的女插畫家蝶野打來電話說要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現場時蝶野已死，而這個看似自殺的案件其實是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時，花岡正和大家在一起，他到底是怎么做到的？

步美某日經過傳說中的鬼屋，而且還看到屋內有鬼火！為了一探究竟柯南，步美，光彥還有元太一起出動來到這個傳說中的鬼屋。因為屋主被殺后家里的其他人就突然間不知去向，于是許多鬧鬼的傳說就此傳開。但在柯南和少年偵探團的各位探查之后發現了鬼屋中真的有人居住著！在調查了屋子之后柯南終于發現背后真正的秘密。最終殺害房子主人的兇手也自首承認罪行。