因為柯南和妃英理一直想不出嫌疑人有沢悠子所使用的手法，小蘭趁機慫恿妃英理打電話給小五郎，沒想到電話另一頭卻傳來打麻將的聲音，氣憤的妃英理掛掉電話后，突然想起了小五郎以前常常使用的錄音小把戲，如果死者也曾使用同樣的手法騙有沢悠子的話，那么關于這起案件的所有的疑問都能迎刃而解。

少年偵探團聽同學說她們家的房客中有一個十分刻板且循規蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會對他們訓斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見這個叫巖田的先生。沒想到三天之后，巖田居然去警局自首說自己失手殺人，雖然是正當防衛不予追究，但警察還是對巖田的生活以及他的朋友等人進行了調查，卻發現事情并不像他描述的那么簡單。

根據紙飛機上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機的人想傳達的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機發到新一的手機上，將這三個帶有暗號的紙飛機串聯在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日報道的代田社長以及他所在的地點，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進了綁匪的據點。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來介入調查，他們將目標鎖定在山下旅館投宿的三位客人當中，就在這時，柯南像是想到了什么，他獨自一人返回山里并在一棵樹下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網，然而，讓他沒想到的是對方居然帶領了一大波人……

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎金轉送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認領，為了辨認誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因為那名兇手身上也有一道傷痕。當晚，小五郎泡澡的時候，發現管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？