旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來(lái)到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍(lán)子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時(shí)后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實(shí)就是自己的親人，因?yàn)榈貌坏礁赣H贊同和支持而疼下殺手。

柯南，小蘭與小五郎去花亂亭餐廳用餐。鄰近餐廳的大廈正好在進(jìn)行拆卸，所以感覺(jué)的到震動(dòng)。然而，店主花岡與妻子禮子之間不對(duì)勁的氣氛。柯南他們又看見(jiàn)花岡為炊事與和田在爭(zhēng)論。當(dāng)晚，喜歡釣魚(yú)的花岡在制作釣魚(yú)工具的時(shí)候死亡。經(jīng)過(guò)調(diào)查柯南推理出了兇手的真實(shí)身份。同時(shí)告訴罪犯花岡其實(shí)從來(lái)沒(méi)有忘記過(guò)愛(ài)這樣一個(gè)殘忍的事實(shí)。

步美無(wú)意中看到了連續(xù)縱火的犯人，便前去警局做相關(guān)的供詞，之后，少年偵探隊(duì)與高木和佐藤警官開(kāi)始展開(kāi)調(diào)查，然而沒(méi)想到當(dāng)天居然是佐藤父親的殉職忌日，大家也不禁談起了這件“愁思郎案件”，佐藤警官還碰到了父親高中時(shí)的老友，這時(shí)，目暮警官打來(lái)電話(huà)讓白鳥(niǎo)和高木前去抓捕縱火犯嫌犯，期間高木想通了十八年前所發(fā)生的案件的真相，可當(dāng)他打電話(huà)給佐藤時(shí)，卻沒(méi)有注意到兇手就在身后。

阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計(jì)劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛(ài)犬協(xié)會(huì)的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀(jì)念的時(shí)候，加納家飼養(yǎng)的一只小狗道爾不見(jiàn)了，后來(lái)大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項(xiàng)圈，但幸運(yùn)的是焚化爐里并未發(fā)現(xiàn)狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

光彥建議讓亞瑟聞道爾的味道幫忙找道爾，可亞瑟卻從和式里叼出一個(gè)坐墊，柯南發(fā)現(xiàn)和式里的坐墊比之前多了一個(gè)，他又將道爾聽(tīng)到時(shí)鐘之后發(fā)生的事情全部梳理了一遍，并且還在客廳的走廊上找到了曾經(jīng)出現(xiàn)在焚化爐里的玻璃棉，有了這些線(xiàn)索一切謎題迎刃而解，找到道爾之后，少年偵探分工合作，將它失蹤時(shí)的場(chǎng)景重演一遍，揪出了藏匿道爾的歹徒。