元太在奧米花的路口邊找東西時(shí)，突然被身后狂奔而來(lái)的紅衣男子撞倒，元太追逐紅衣男子未果，便叫來(lái)少年偵探團(tuán)一起幫他尋找紅衣男子的下落。正當(dāng)幾人爭(zhēng)論不休時(shí)，柯南等人被警察叫住詢(xún)問(wèn)，這才得知該紅衣男子竟是一名搶劫犯，于是少年偵探團(tuán)便決定幫助警察抓到紅衣男子。與此同時(shí)，另一名紅衣男子來(lái)到警察局，告訴警察他失憶了，卻被警察以嫌疑人的身份進(jìn)行追捕。這名紅衣男子究竟是不是搶劫犯？感覺(jué)此事另有蹊蹺的柯南展開(kāi)了調(diào)查。

警方開(kāi)始調(diào)查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在場(chǎng)證明，小五郎斷言這是一場(chǎng)意外事故。但警方卻從Q次郎的尸檢報(bào)告中發(fā)現(xiàn)了疑點(diǎn)，經(jīng)檢查發(fā)現(xiàn)Q次郎尸體肺部里的水并不是池塘水而是自來(lái)水，而O太郎的房間里發(fā)現(xiàn)了監(jiān)聽(tīng)器，上面還有Q次郎的指紋。更令人驚訝的是桌子上留下的指紋是O太郎的，而這指紋竟然與七年前搶劫殺人案犯人留下的指紋是一致的。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱(chēng)“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢(shì)原祐二。為了解開(kāi)謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢(shì)的場(chǎng)面。想要解圍的柯南在和伊勢(shì)一起逃亡的過(guò)程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

音樂(lè)人波土祿道發(fā)表了新歌并準(zhǔn)備召開(kāi)演唱會(huì)，柯南等人約定一起去看波土的彩排表演。來(lái)到表演廳外的眾人偶遇了波本和小梓，卻被工作人員通知表演臨時(shí)取消。正當(dāng)眾人在表演廳外交談時(shí)，前來(lái)做消防檢查的警察卻突然發(fā)現(xiàn)波土祿道被吊死在了舞臺(tái)正中央……

利用步美找到的暗號(hào)解讀表，柯南本以為能順利解開(kāi)暗號(hào)，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時(shí)，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉(cāng)庫(kù)尋找石灰。來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)的眾人發(fā)現(xiàn)倉(cāng)庫(kù)一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開(kāi)了暗號(hào)的含義，并推測(cè)犯人將再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計(jì)誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？