小蘭和園子聊著幼稚園時的往事，新一當(dāng)時所做出的櫻花名牌推理，正是他的第一次推理，而在小蘭不知道的情況下新一一直在背后默默地守護著她。櫻花班班主任江舟論介看小蘭的眼神讓新一非常在意，他認為這個老師是故意想要和小蘭親近，他所作出的解釋看似合理，但新一依舊無法放松警惕，新一的父親工藤優(yōu)作得知后也展開了調(diào)查。

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開機關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書?？履显诨貞浻鸭姆蛉怂灾?，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。

為了和靈魂偵探堀田凱人進行對談，柯南跟著毛利小五郎來到了酒店，但到時發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場進行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來，就在柯南準備和往常一樣進行推理時卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見了，而這時竟有人很自然的用他遺失的變聲器開始模仿小五郎的聲音進行推理。

阿笠博士帶著少年偵探團去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運將會如何？

小五郎帶蘭和柯南來到東京附近的度假山莊放松，在那里遇到了同樣來休閑的女大學(xué)生三人組。小五郎伴著美景喝了許多酒，正當(dāng)他昏昏欲睡之時，河邊突然出現(xiàn)了異變。河水突然變紅，順?biāo)戮尤挥幸痪呤w飄了過來，小五郎立刻清醒跳河救人，等打撈上來后大家驚覺這居然是剛才的女大學(xué)生之一的秋葉夕子。