學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問及此事時(shí)，大家也都避而不語，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

少年偵探團(tuán)因成功抓捕強(qiáng)盜而大出風(fēng)頭，某日，大家一起外出的時(shí)候，步美被一輛急駛而過的紅色轎車撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車輛，奇怪的是，每到轉(zhuǎn)角車子都會(huì)停下來，好像故意等他們一樣，當(dāng)柯南等人追到石倉(cāng)工廠時(shí)，車子不見蹤影，之后，車子有突然出現(xiàn)并一路駛向警察局，沒過得多久，柯南等人得知石倉(cāng)工廠發(fā)生了命案……

小蘭為了讓她父母親之間的感情有機(jī)會(huì)復(fù)合，便策劃了一場(chǎng)海灘之旅，大家在這里認(rèn)識(shí)了幾名大學(xué)生，但其中一個(gè)叫貴和子的女生在潛水的時(shí)候被海蛇咬到而有生命危險(xiǎn)，之后，小蘭回想起自己看到的海蛇身上有兩個(gè)小翅膀一樣的東西，然而這個(gè)看似意外的事件，其實(shí)是有人蓄意操作。

尸體被燒焦，根本無法辨識(shí)他的身份，只能從穿著姑且判斷是蟹江，柯南發(fā)現(xiàn)這具尸體整過容，并推斷出龜田和鯨井也是葉才三搶劫殺人案的同伙，當(dāng)大伙趕到龜田的房間時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他也消失不見了，柯南和服部推理出現(xiàn)分歧兩人決定各自行動(dòng)，可在調(diào)查期間服部遭遇危險(xiǎn)，沒過一會(huì)兒，甲板上再次響起槍聲，心虛的鯨井決定交代一切，這時(shí)，鯨井突然被不明人士射傷，鮫崎趕到甲板時(shí)卻看到……

在醫(yī)院醒過來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現(xiàn)場(chǎng)狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢問當(dāng)時(shí)他們買東西的場(chǎng)景，在老板指出有一人行動(dòng)奇怪后，柯南便知道了放火就是那個(gè)人！