宇佐美過去曾殺害過被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對事件記憶不清，這樣為案件辯護(hù)的英理看來沒有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對疑點(diǎn)懷有疑問的柯南讓小五郎作為辯護(hù)方證人再次出庭，進(jìn)行了新的推理最終指出了犯人的真實(shí)身份。美真治的嫌疑終被洗清。

被害的真紀(jì)的因?yàn)殄X包不見了，被疑為是強(qiáng)盜殺人。乍看之下雖然像是強(qiáng)盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點(diǎn)一點(diǎn)浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計(jì)劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

為陪園子買東西，柯南和小蘭來到一家百貨公司，可小五郎卻莫名奇妙的被牽扯進(jìn)目暮警官等人為引誘歹徒現(xiàn)身而設(shè)下的圈套，之后，目暮警官表示他們正在調(diào)查一起連續(xù)的毆打婦女案，柯南在這些受害人的照片中發(fā)現(xiàn)她們都是這家百貨公司客人的這一共同點(diǎn)，這時，小蘭卻在百貨公司的地下停車場發(fā)現(xiàn)了一名女性的尸體，雖然目暮警官立刻進(jìn)行辦案，但柯南卻發(fā)現(xiàn)他與平常有所不同。

大家小心翼翼的吃完晚餐后，這具代替主人的假人偶再次開口并講述了四十年前在這棟別墅中所發(fā)生的慘案，而他的目的則是讓悲劇重演，這時，大上祝善當(dāng)著大家的面中毒死亡，而和小五郎、茂木一起開車去察看吊橋狀況的千間也因車子爆炸而生死未卜，返回別墅之后，柯南、小五郎和茂木在鋼琴房中發(fā)現(xiàn)了很多線索，然而卻突然響起了槍聲，三人趕到時，白馬探已經(jīng)死亡，隨后，槍田郁美的尸體也在電腦房被發(fā)現(xiàn)。

雖然對現(xiàn)場進(jìn)行了調(diào)查，但警方無論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無策之時，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認(rèn)同，就在警方準(zhǔn)備以自殺結(jié)案時，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯，真正的工藤新一登場，在進(jìn)行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……