某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時(shí)，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來(lái)是坂口先生拜托小剛在他出差的時(shí)候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調(diào)查坂口兒子正人自殺的事時(shí)，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關(guān)，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

某日，一個(gè)自稱柯南媽媽的陌生女人來(lái)接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……

步美某日經(jīng)過(guò)傳說(shuō)中的鬼屋，而且還看到屋內(nèi)有鬼火！為了一探究竟柯南，步美，光彥還有元太一起出動(dòng)來(lái)到這個(gè)傳說(shuō)中的鬼屋。因?yàn)槲葜鞅粴⒑蠹依锏钠渌司屯蝗婚g不知去向，于是許多鬧鬼的傳說(shuō)就此傳開。但在柯南和少年偵探團(tuán)的各位探查之后發(fā)現(xiàn)了鬼屋中真的有人居住著！在調(diào)查了屋子之后柯南終于發(fā)現(xiàn)背后真正的秘密。最終殺害房子主人的兇手也自首承認(rèn)罪行。

當(dāng)晚發(fā)生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎樣到書房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時(shí)，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機(jī)的事實(shí)漸漸浮出了水面。最終柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的犯罪手法并將其公之于眾，而兇手也最終承認(rèn)了因?yàn)槊妹玫娜ナ蓝饸⒛畹氖聦?shí)。

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)來(lái)到野外，并交給他們一張地圖讓他們?nèi)ふ覍毑兀飞侠щy重重，但大家不畏艱險(xiǎn)互相扶持，終于接近終點(diǎn)，柯南解開天之水與天之石的暗語(yǔ)，順利找到了藏有寶物的底下通道，這里有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過(guò)的兩個(gè)行跡可疑的男人突然出現(xiàn)，柯南采用智斗將他們打到后，又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。