南京下令約翰案要以蔣維民伙同趙冰冰殺害約翰結案，鄭翊卻認為這并不能令美國方信服，因為張凱已經露出了足夠多的馬腳，而吳昆才在面對鄭翊時，也承認約翰案是張凱所為，此事目的是為栽贓給共產黨，好讓美國加入內戰，幫國民黨打共產黨。同時，吳昆才也透露，約翰案便是“比基尼”計劃的一部分。但鄭翊卻認定張凱便是共產黨，并拿出在趙冰冰搜出的那卷膠帶作為證明，但在吳昆才對張凱的擔保下，對此事又有了新的疑慮。在如此混亂的局勢下，俞北平心里因握有張凱的自白而安定不少。隨后，俞北平準備出門，參加會議時，發現徐丹妮身體不適，忙扶她回房間休息。在俞北平照顧她的時候，徐丹妮突然對俞北平道歉，她為自己給他惹了麻煩而愧疚不已，而俞北平在之后的交談中得知，徐丹妮已經告訴林莎張凱和趙冰冰并非共產黨。俞北平同鄭翊在會議室商談約翰案的結案問題，由于俞北平被任命為特調局代理主任，此事將主要由他來負責。為了讓美方接受結果，俞北平提出要將蔣維民、張凱、趙冰冰三人的身份作成共黨，鄭翊對此也表示贊同。林莎在同鄭翊、俞北平一同查案時，深知許多疑點，明白約翰案并非像表面看上去那么簡單。為了能進一步接近約翰案真相，林莎約曾經的戀人、特調局情報處處

吳昆才事關黨國機密，絕不能暴露在俞北平和美國人面前。鄭翊同陳雪明商量，由她去引開正在貨倉巡察的俞北平，而王科長則趁此機會讓吳昆才和舒曉梅進入后貨艙的貨柜，好將他們兩人運送出去。與此同時，正埋伏在魚浦頭的宋強接到月明灣美軍防區出現異動的消息，明白自己中了共黨的調虎離山之計，忙趕去月明灣。而林莎正在月明灣望風，被宋強抓個正著。鄭翊派人告知俞北平前艙有吳昆才的蹤跡，但這反而讓俞北平確認吳昆才很大可能在后貨艙內。由于國軍前線打仗急需該船上的這批貨物，俞北平只能松口讓檢查完的一批貨物先行運走。由于運送的這批貨物是最早貼上封條，所以封條本應該是干的，但在運貨物期間，俞北平發現其中一個貨柜的封條是濕的，他懷疑吳昆才就躲在此貨柜中，便攔截了這一貨柜，而事實正如他所料。吳昆才此時已被逼入絕境，只能舉手投降。鄭翊見吳昆才已無法逃出，只能安排狙擊手在吳昆才被押回美方的路上將其擊殺，從而避免吳昆才落入俞北平和美國人的手里。安德森很是憤怒，下令封鎖港口，務必找出兇手。遲又一找徐丹妮見面，他假裝自己為共產黨，表面上請徐丹妮利用她父親俞北平的身份為他獲取關于國黨高層的情報，實則就是讓徐丹妮監視俞北平。徐丹妮不疑有他

南京高層下達手諭，要求約翰案以蔣維民伙同共黨殺手趙冰冰謀害約翰的結果結案，要求立刻處決蔣維民。俞北平卻覺約翰案仍有許多疑點，對此密令不敢茍同。俞北平和鄭翊在夜間前往關押蔣維民的審訊室，蔣維民拒不認罪。而俞北平無可奈何之下，只能槍決了蔣維民。之后，吳昆才來找鄭翊告訴自己想到能讓約翰案的辦法便是將蔣維民送往南京，卻不料來遲一步，蔣維民已被處決。鄭翊告訴吳昆才俞北平的目的是拿攻防部署，他們只需要拭目以待，讓俞北平自己露出馬腳。林莎通過翻找趙冰冰的物品，發現了物品中藏有一關于攻防部署的膠卷，里面有吳昆才的編號，眾人大驚，林莎忙找鄭翊報告此事。鄭翊得知此事后，立刻帶人帶走吳昆才。吳昆才努力辯解，而鄭翊不為所動。張凱找到孫德利想同他商談貪污的事，卻從孫德利口中得知吳昆才被鄭翊帶走。張凱知道大事不妙，打電話給趙冰冰，讓她備好行李準備逃離。原來此事是俞北平一手策劃，是他在趙冰冰的首飾里放進了張瀚民給自己的《攻防部署》膠片，而上面的代碼寫了吳昆才的編號，想借此把吳昆才絆倒，以此讓約翰案真相石沉大海。為了讓計劃順利進行，俞北平到趙冰冰所處的酒店放火，讓局勢更為混亂。鄭翊通過追查這次失火事件，查到了趙冰冰。

林雨竹本想送醫護人員到安全的地方，他們都愿意參加新四軍，跟著林雨竹打鬼子，林雨竹自然求之不得。蕭寒和王茂林帶著三五支隊加入新四軍浙東縱隊，他們被編為第六支隊，隊伍壯大到六百人，江水英換上新四軍軍裝，讓王茂林趕快把她娶了，王茂林嚇得避之不及。蕭寒被任命為第六支隊隊長，王茂林做政委，老梁是參謀長，蕭寒推薦付大虎，老梁和胡子明擔任三個中隊的隊長，讓林雨竹擔任衛生隊隊長。鄭英達傳達了總隊要建后方醫院的消息，讓幫忙林雨竹籌建，王茂林和蕭寒都不舍得她離開，鄭英達只好拜托林雨竹幫忙培訓一批醫護人員。蕭寒接到總部的情報，日軍要進行大規模掃蕩，國民黨又把美英澳等國的精良部隊分成五個突擊隊，把他們調到四明山南麓，國民黨部隊還要來清剿根據地，蕭寒知道接下來是一場硬仗，先派人把重要的送回總隊。第六支隊舉行了誓師大會，鄭英達發表了抗戰誓言，戰士們振臂高呼響應。1944年5月下旬，日軍發動目標直指新四軍軍部的大掃蕩，新四軍以及地方部隊以游擊戰方式打擊敵人，阻止日軍下鄉掃蕩和建立據點，在反掃蕩中，新四軍共進行重要戰斗135次，斃傷日偽軍1932人，俘虜日偽軍1089人，擊沉敵軍汽艇13艘，繳獲槍炮1138件。日軍發

徐正文的副官田昱告訴俞北平清城防務方案的與會人員共有五人，分別是清城特調局副主任蔣維民，情報處主任程忠義，技術部長張炳坤，行政處秘書舒曉梅以及辦公室主任秘書范自強，而約翰少校的行程只有他們五人知道，他們有最大嫌疑。之后，徐文正告知俞北平這次清城查案是對他的考驗，俞北平對此自然也是嚴陣以待。而清城特調局的主任吳昆才正同程忠義商量對俞北平接風宴的菜色，程忠義則告訴吳昆才美方不肯接見他。吳昆才不欲多談此事，便用程忠義的終身大事作調侃以轉移話題。與此同時，美軍駐清城港口指揮部情報處中尉林莎正在調查約翰案的現場遺留物，隨后她告知美軍駐清城港口指揮部情報處處長安德烈，在汽車起火前，約翰所攜帶的文件已經泄密。安德烈要求林莎一定要找出潛伏在清城特務局的共黨特務。正當程忠義同舒曉梅吃飯時，林莎正好找到他。林莎告訴他檢測結果，并表示美方已經介入調查。在得知美方介入約翰案后，吳昆才忙派人將蔣維民捉拿以示己方的誠意，同時為了不得罪蔣維民，他將抓捕的蔣維民請到自己辦公室后安撫他的情緒。此時，俞北平正準備同夫人徐詠儀前往清城，在整理物件時，得知鄭翊拿走了他的打火機。俞北平知道鄭翊是他的潛伏生涯里的威脅，便跑去同鄭