簡單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發(fā)的二樓進行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒錯，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項鏈又被如何處理了？

在東京的松陰神社，少年偵探團及時救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來的足以買下國家價值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號，順著線索來到了萩市，沒想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因為五年前他曾有過含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時也找到了他的不在場證明，小五郎認為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務所的招牌。

死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當年村長及其妻子遇害一案再次向大家說明，而這個死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車回家的途中，一輛車很危險的在馬路上行駛，當大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開車的人已被人勒死。

在屋內(nèi)調(diào)查的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)了多處疑點，干凈的浴室、沒有插電的刮胡刀、消失的牙刷以及洗衣機內(nèi)的衣服，就在他苦思冥想到底誰是兇手時，園子無意中的一句話提醒了他，原來榔頭男從一開始就不存在，這不過是都市傳而已，就在目暮警官等人一頭霧水時，柯南將園子麻醉，利用變聲領結(jié)道出了真相。