小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號(hào)的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號(hào)，這個(gè)寫有s→w的暗號(hào)到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號(hào)。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對(duì)，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

應(yīng)出版社要求小五郎和知名占星師紫條麗華在她的豪宅進(jìn)行談話節(jié)目的錄制，期間，女演員綠川克拉拉氣沖沖的來找紫條商量事情，簡單交談后，紫條便一人回房工作，直到下午吃晚飯的時(shí)候也沒有見她露面，預(yù)感到有事情發(fā)生的柯南跑到陽臺(tái)發(fā)現(xiàn)紫條已經(jīng)死在了房間里，大家從被打破的天窗進(jìn)入房內(nèi)，這起密室謀殺案的兇手到底是誰？

步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。