與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之一)小五郎收到了一個(gè)署名Vermouth寄來(lái)的萬(wàn)圣節(jié)宴會(huì)邀請(qǐng)函，其中還附有一封奇怪的信件，而另一邊，工藤新一也受到了同樣的邀請(qǐng)，可其中的信件卻是寄給柯南的，這或許與黑暗組織相關(guān)，雖然灰原極力阻止，但柯南依舊堅(jiān)持前往。宴會(huì)當(dāng)晚，各種“鬼怪”齊聚一堂，小五郎，園子以及木乃伊、美杜莎、狼人、鐘樓怪人被分為一組，自稱是工藤新一的隱形人也加入了他們，在幽靈船船長(zhǎng)的主持下，瘋狂的恐怖宴會(huì)正式開(kāi)始！

警察在調(diào)查玲治、拓人、晴華的時(shí)候，柯南發(fā)現(xiàn)野營(yíng)車的敞篷車頂黏著血跡，之后柯南在現(xiàn)場(chǎng)附近找到了帶血的塑料布，雖然查明殺人的詭計(jì)卻沒(méi)有辦法確定犯人是誰(shuí)。而在觀察三名嫌疑人之后柯南最終確定了犯人。而在確鑿的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行，并道出了因?yàn)椴粷M以金錢玷污了友情的泰美而最終殺害她的事實(shí)。

被誤認(rèn)為同學(xué)片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來(lái)。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發(fā)現(xiàn)了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發(fā)現(xiàn)被絞死在停在停車場(chǎng)的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時(shí)候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協(xié)助下犯人終于被捕。

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉(cāng)死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒(méi)有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒(méi)有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫(yī)生接她看病的時(shí)候，茱蒂老師居然出現(xiàn)在門外。另一邊，幽靈船上的宴會(huì)剛開(kāi)始，船長(zhǎng)就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現(xiàn)了一張惡魔牌，在對(duì)工作人員進(jìn)行詢問(wèn)之后，小五郎認(rèn)為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時(shí)，和小五郎同組的隱形人獨(dú)自一人展開(kāi)了調(diào)查，并且還發(fā)現(xiàn)了不少線索，他利用廣播將船艙內(nèi)的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……