沒(méi)過(guò)多久本堂瑛佑再次找到小五郎說(shuō)他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥(niǎo)矢町，沒(méi)想到竟然在這里遇見(jiàn)了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢(xún)問(wèn)案情的期間，船本家的兒子透司說(shuō)兇手是一個(gè)穿著黑衣服的外國(guó)女人，難道是黑衣組織？這時(shí)，柯南突然想起這個(gè)小男孩就是曾出現(xiàn)在水無(wú)憐奈車(chē)禍現(xiàn)場(chǎng)的人。

柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場(chǎng)，沒(méi)想到書(shū)店附近傳來(lái)了一聲尖叫，只見(jiàn)一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場(chǎng)，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對(duì)樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時(shí)，警察及時(shí)趕到。

小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負(fù)責(zé)調(diào)查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時(shí)，服部在虎田的死對(duì)頭龍尾家調(diào)查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當(dāng)晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰(zhàn)敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發(fā)現(xiàn)她的時(shí)候，她已經(jīng)被吊死在一顆樹(shù)上，腳下同樣出現(xiàn)了一只死蜈蚣。

這天小五郎和柯南看到警車(chē)駛過(guò)，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場(chǎng)。原來(lái)是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說(shuō)家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說(shuō)齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。

最有可能犯案的就是第一個(gè)沖進(jìn)房間的染井社長(zhǎng)，于是，高木打電話給公司，其中有同事表示曾在案發(fā)時(shí)間見(jiàn)過(guò)染井出入藥店，而這件事也從藥店員工那里得到了證實(shí)，這無(wú)疑是染井?dāng)[脫嫌疑的最好證明，可他為何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木還原了被偽裝的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，事已至此，染井主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，但柯南卻指出兇手另有其人。