為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場進行調(diào)查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時，他注意到了貼在地板上的走位標記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當他準備麻醉小五郎時，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經(jīng)沒有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒想到小五郎竟然單獨找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要勸她自首？

園子的大伯次郎吉因為怪盜基德曾經(jīng)搶了他大出風頭的機會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報紙上向基德下戰(zhàn)書，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說自己會走著去盜取“藍色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因為犯人可能持有沾血的鑰匙，柯南推測鑰匙孔里會有血便請求測試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒有檢測出反應(yīng)！就在這時柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

這件兇案的最大疑點就是，兇手從這個亂七八糟的黑暗房間逃跑的時候，居然沒有發(fā)出任何聲響，而且門鎖也沒有被破壞的痕跡，由此看來，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來這二人進行偵訊，得知案發(fā)時兩人都沒有不在場證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機，查看過影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

白鳥警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒有當場死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風格的挑戰(zhàn)書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會，而導致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復(fù)警察。