柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團(tuán)，但此次旅行的主辦人旅店的老板金谷，被人鎖在車?yán)锿葡律窖逻€引發(fā)的爆炸，而被孤立無法與外界聯(lián)系的旅客，因?yàn)椴幌Ｍ俪霈F(xiàn)死者，都集合在旅店房間里，說自己已經(jīng)知道兇手是誰的綾子，在車庫里爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時(shí)，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。

小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對(duì)面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去后，卻發(fā)現(xiàn)屋里什么都沒有，接下來的幾天，發(fā)生了同樣的事情，主治醫(yī)師白井說可能是因?yàn)槠诙a(chǎn)生的幻覺，但柯南卻認(rèn)為事件沒那么簡(jiǎn)單，他陪夜的當(dāng)晚也看到了殺人場(chǎng)景，兩人一起跑出去，當(dāng)他趕到小五郎身邊時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經(jīng)死去的江藤醫(yī)生，小五郎就這樣糊里糊涂的成了「殺人兇手」……

某日，一個(gè)自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識(shí)了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來到毛利偵探事務(wù)所，說總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰才是真正的兇手。

某天小五郎偶遇了大木田社長(zhǎng)并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場(chǎng)外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長(zhǎng)和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。