光彥暑假沒有來做廣播體操，柯南他們造訪光彥家，得知光彥一早就出去一個人去野營。實在沒有理由來解釋光彥的單獨行動。柯南他們一路上問過去，才知道光彥搭乘巴士與電車來到群馬縣的一個小站。而且似乎是進入了森林。柯南他們用追蹤眼鏡開路，卻遇到了群馬縣的警察他們。柯南他們得知之前連續(xù)殺人犯沼淵己一郎也逃到這個森林中，不由得為光彥擔(dān)心起來！

少年偵探隊在調(diào)查連續(xù)闖空門事件的時候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來這名叫細野的小姐在買回來的二手沙發(fā)里發(fā)現(xiàn)了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細野卻有不在場的證明，這時，她的鄰居德永先生剛好回來，他說昨天聽到細野房中有爭執(zhí)的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調(diào)查，得知那個沙發(fā)其實是從細野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點，就在大家一籌莫展時，光彥說他知道誰是兇手……

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫(yī)生接她看病的時候，茱蒂老師居然出現(xiàn)在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現(xiàn)了一張惡魔牌，在對工作人員進行詢問之后，小五郎認為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時，和小五郎同組的隱形人獨自一人展開了調(diào)查，并且還發(fā)現(xiàn)了不少線索，他利用廣播將船艙內(nèi)的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

眼看車子馬上到達賢橋車站，但與黑色組織接觸之前，柯南還要先處理一件事情，那就是揭穿車上的這兩名珠寶大盜，將他們制服以后，柯南讓阿笠博士報警，而自己則只身犯險進入車站，他將碟片和支票都放在儲物柜里，自己躲在一邊暗中觀察，當(dāng)沃克拆除碟片時，今恩出現(xiàn)，他看出了柯南想要收集他們指紋的目的并推斷出他就在附近，于是便開始尋找，只聽兩人腳步漸漸逼近……