三百年后，劫數一到，奎剛便聚集眾妖準備殺入三界奪取天庭。一條巨蟒在冥界作亂，它害得投胎之鬼出不去，陽間魂魄進不來，秦廣大王趕緊一探究竟，發現確是一條巨蟒在作亂，還留下三界浩劫，無人能逃的字樣。天庭的蟠桃突然一夜之間枯爛壞死，桃樹全都連根腐爛且之前查不出任何異象，在臨近蟠桃大會之際發生這樣的事情，玉帝打算不舉行蟠桃盛會。其中一名神仙表示蟠桃大會是歷年盛會，如果不辦會使天界不安，現在蟠桃突然一夜枯爛，只能拿太上道祖的仙丹舉辦一個丹元盛會，玉帝點頭應允。重華宮關著的妖怪突然發出巨大的聲響，結合近日天庭的一幢幢怪事，玉帝意識到是劫數到了。黑袍護法帶著眾妖殺入天庭，玉帝勸眾神不要與妖怪們戰斗，既然是劫數就不能躲，自會有人幫助他們渡過難關。奎剛進入凌霄殿，有兩位神仙擋住他的去路，奎剛穿過他們的身體，之后兩位神仙便化作齏粉而死。玉帝深知這是劫數躲不過，他當著大家的面放棄玉帝之位，入釋凡家。太上老君也意識到劫數的來臨，他囑咐弟子之后他會化成一粒清丹，讓弟子把清丹交給武圣石敢當。奎剛來找太上老君，他勸太上老君歸服于他，太上老君不肯，之后化成一粒清丹，等奎剛走后，太上老君的弟子出來撿起清丹，他趕緊想辦法逃

玉帝曾把五雷法傳授給石敢當，因此石敢當可以隨意在三界穿梭。石敢當化成水德星君的模樣來到地府，秦廣大王的手下告訴他秦廣大王剛坐馬車出去不久，接著石敢當來到轂河龍王管轄地區，看到武德星君與轂河龍王把酒言歡，石敢當趁此機會化成武德星君的模樣回到武德星君的住所，他略施小計便將武德星君與轂河龍王等人沆瀣一氣的證據找到。石敢當通信給楊戩，告訴他自己已經找到武德星君等人徇私舞弊的證據，并請求楊戩等人來地府支援他。楊戩立刻命令手下準備支援石敢當，他還在夜里將石敢當被沒收的盤古開山鉞拿了回來。轂河龍王送了一箱珠寶給秦廣大王，秦廣大王開心地數著珠寶，一抬頭卻看到石敢當站在自己的面前。石敢當讓秦廣大王盡快束手就擒，秦廣大王卻認為石敢當沒了盤古開山鉞也就不構成威脅。秦廣大王帶著地府的一眾手下與石敢當打了起來，這時石敢當將盤古開山鉞拿出來與他們對戰，隨后楊戩與敖申等人加入戰局，秦廣大王被他們收服。石敢當將武德星君與轂河龍王綁在凌霄殿上，玉帝看到后很是生氣便要治石敢當的罪。哪吒問石敢當為何要這么做，石敢當將武德星君、轂河龍王與秦廣大王徇私舞弊沆瀣一氣陷害黃河龍伯的證據拿了出來，玉帝卻不看證據反而讓手下先把石敢當關

情緒激動的敖申將趙黑虎當年殺黃河龍伯時用的龍泉劍卷走，他拿著龍泉劍在黃河邊祭拜自己被冤死的姑父黃河龍伯。手下稟告皇上，斬龍臺上的龍泉劍突然在一陣妖風吹過時消失了，皇上請石敢當幫忙尋找，石敢當意識到龍泉劍是被敖申拿走的。石敢當與朱半斤在黃河邊找到了正在哭泣的敖申，石敢當勸他把龍泉劍還回去，敖申解釋道自己只是想祭拜一下姑父。看著兄弟如此傷心，石敢當決定幫敖申討回公道。安慶大會在天庭召開，玉帝在大會上表揚石敢當的偉功，并打算封石敢當為天尊。石敢當表示自己愿意放棄天尊之位，只希望玉帝能還給敖申一個公道，玉帝沒想到天庭竟然也會發生冤案，他讓敖申講一下事情的經過。敖申告訴玉帝，武德星君與轂河龍王等人為了個人利益，克扣降雨點數并陷害黃河龍伯，最終害得黃河龍伯含冤而死。石敢當等人請求玉帝開慧眼識別事情的真相，武德星君與水德星君則站出來喊道石敢當污蔑他們。玉帝遲遲不肯開慧眼，石敢當指責玉帝為了自己可憐的尊嚴而冤枉一個好人，武德星君趁機挑撥道石敢當出言不遜忤逆玉帝。武德星君與石敢當言語不和甚至在凌霄殿內動起手來，玉帝下令將石敢當即刻問斬，多虧太上老君等人及時勸阻，才保住了石敢當的命。玉帝沒收了石敢當的盤古

石敢當一行人還剩下最后一個大風陣要闖，大風陣中有一個上古妖怪名為風后，無論是誰只要與風后的眼睛對視上，都會瞬間變成石像，最終石像會化成地上一灘散沙。怕同伴受到傷害，石敢當讓朱半斤等人靠著石壁站好，如果感覺到有風吹過就立即閉眼，石敢當則一人拿起兵器對戰風后。風后妖力高強，石敢當又不能與它對視，要解決風后很是困難。玉蓮看到蜃來到了大風陣，蜃化成風后的樣子打算去擾亂石敢當的戰斗，玉蓮便偷偷地跟在蜃的身后。石敢當無法確定風后的具體位置，這讓他在戰斗中很是吃力，突然他不小心與風后對上眼，玉蓮趕緊跑過來擋在他的身前與風后對視，玉蓮瞬間被石化成雕像，臨死前玉蓮告訴石敢當，蜃化成風后的樣子在干擾他。心愛之人就這樣死在自己面前，悲痛欲絕的石敢當愣在原地。蜃與風后不小心對視，敖申提醒石敢當進入戰斗，石敢當趁此機會將風后解決。石敢當等人離開了迷陣，玉蓮卻永遠地留在了此地，臨走前石敢當為玉蓮在此地立下墓碑。天庭玉帝得知石敢當等人的英勇行為后，邀請他們來天庭加封為神。大護法趕到迷陣時發現此地只剩下蜃化成的一小灘沙，他將沙子收起來帶回去請求奎剛救回蜃。石敢當、朱半斤與敖申受邀趕往天庭，他們先在接引天尊安排的一處住

黑袍護法帶著手下突襲楊戩，原本以楊戩的實力對付黑袍護法等人綽綽有余，但由于奎剛趕到灌口加入戰爭，楊戩被奎剛鉗住并帶走。為避免楊戩將天庭浩劫之事告訴石敢當，奎剛決定先用計打敗石敢當。奎剛把手下的妖魔們送到阿修羅小作坊整容并去除身上的妖氣，畢竟三界不能被妖魔長期看管，奎剛將這些克隆神仙投入到各個道場，從此整個世界都由他掌控。石敢當在泰山當值，他坐在椅子上打盹時夢到玉帝與眾神被火燒，旁邊還有一個黑衣人要求石敢當做他的護法。石敢當被夢驚醒，這時二郎神楊戩來到此處，楊戩告訴他天庭有難，玉帝請求他回去支援并催促他快些走以免誤了大事。石敢當突然注意到今日楊戩手中握的劍并非平日里不離身的至尊巨劍，而是一把普通的劍，兩人在回天庭的路上石敢當不停地試探楊戩的口風，最終假楊戩被他識破。假楊戩實為黑蓮圣使所扮，黑蓮圣使勸石敢當歸服于奎剛，以后好處自然少不了，石敢當當然不肯，隨后兩人進入戰斗狀態，黑蓮圣使利用寶物烏金黑蓮制住石敢當。這時石敢當突然被朱半斤的聲音驚醒，石敢當以為自己只是做個噩夢，可他一抬頭卻看到烏金黑蓮依舊在他頭頂。石敢當利用朱半斤的好奇心從烏金黑蓮里逃了出來，黑蓮圣使不僅被打跑還丟了寶物烏金黑蓮