柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場(chǎng)，沒(méi)想到書(shū)店附近傳來(lái)了一聲尖叫，只見(jiàn)一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場(chǎng)，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對(duì)樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時(shí)，警察及時(shí)趕到。

根據(jù)這個(gè)如此漏洞百出的犯案現(xiàn)場(chǎng)，柯南推斷前來(lái)拿走照片的人并不是黑暗組織，為查明真相，柯南讓店長(zhǎng)分別給三個(gè)有備份鑰匙的人打電話詢問(wèn)他們的行蹤，卻并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，然而，一切都逃不過(guò)柯南敏銳的眼睛，他將凳子上汗?jié)n與這三個(gè)人是身形相聯(lián)系，斷定拿走照片的人就在他們之中并且這個(gè)人現(xiàn)在就在房間里。

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

555 鸛的探索之旅（追蹤陽(yáng)菜篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（陽(yáng)菜追跡編）對(duì)應(yīng)漫畫(huà)：動(dòng)畫(huà)原創(chuàng)收視率：10.9%播映時(shí)間：2009年11月14日簡(jiǎn)介：住院的陽(yáng)菜逃出醫(yī)院后乘上出租車。平次一邊聯(lián)絡(luò)在旅館的柯南，同時(shí)坐上出租車追蹤陽(yáng)菜。和葉，少年偵探團(tuán)，哀也乘坐其他的出租車緊隨其后。柯南推理認(rèn)為陽(yáng)菜把“彩虹之子”藏匿在某處，并猜測(cè)她正往那邊趕去。被關(guān)在車后備箱內(nèi)的小蘭用BD徽章聯(lián)絡(luò)元太等人。柯南依靠徽章傳來(lái)的聲音推測(cè)小蘭所在的位置，然而…。

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內(nèi)的死并非自殺而是經(jīng)過(guò)策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官?zèng)Q定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過(guò)程中，小五郎以辯方的特別證人出現(xiàn)，他不但說(shuō)明了竹內(nèi)夫婦早已名存實(shí)亡的婚姻，還將五年前竹內(nèi)違法建筑案的內(nèi)幕也說(shuō)了出來(lái)，然而最關(guān)鍵的竹內(nèi)死亡之謎還是由柯南道出真相！