柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場。而之后那個(gè)中年男子在爭斗中從站臺掉下下去當(dāng)場死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰嚨湺鴪?bào)復(fù)殺人的事實(shí)。

柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號店，聚集了眾多相關(guān)者開宴會。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長死在了石庭的中央！

在柯南與少年偵探團(tuán)的孩子們及阿笠博士看比賽歸途的電車內(nèi)，支持者赤野被殺。犯人確定在3個(gè)人之中。卻沒有決定性的線索。柯南從哀收看的比賽轉(zhuǎn)播中得到提示，看穿了犯人的謊言。并揭穿了犯人其實(shí)沒有看比賽只是通過廣播收聽比賽過程的謊言。而犯人也道出了為被赤野殺掉的弟弟報(bào)仇的動機(jī)。而此時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)灰原遠(yuǎn)離人群，追過去后只看到列車奔馳而去？

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫(yī)生接她看病的時(shí)候，茱蒂老師居然出現(xiàn)在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現(xiàn)了一張惡魔牌，在對工作人員進(jìn)行詢問之后，小五郎認(rèn)為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時(shí)，和小五郎同組的隱形人獨(dú)自一人展開了調(diào)查，并且還發(fā)現(xiàn)了不少線索，他利用廣播將船艙內(nèi)的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

警察雖然推斷巖夫是自殺，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了眾多的疑點(diǎn)。而從尸體嘴里流血的事實(shí)，燈繩上可疑的繩結(jié)和小蘭的敘述中柯南最終推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露兇手的關(guān)鍵時(shí)刻卻因?yàn)楦忻安荒馨l(fā)聲了！沒有其他辦法，柯南通過不斷的比劃的猜謎來引導(dǎo)眾人來尋找兇手的線索，最終犯人的身份揭曉。而兇手也承認(rèn)因?yàn)槠拮拥挠龊Χ鴼⑺辣缓φ叩氖聦?shí)。