小五郎受邀參加浦井食品創立八周年的紀念宴會，浦井社長在每年的宴會上都會進行魔術或短劇之類的表演，所以賓客們也都非常期待他今年的表演，然而，宴會期間浦井社長卻大叫一聲倒了下來，就在大家都以為他今年表演是懸疑推理短劇時，柯南發現浦井社長真的停止了呼吸，警方查出他是中毒而死，當時離死者最近的人就是他的夫人浦井星江。

妖怪倉庫是把貴重的物品放進里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團為了弄清真相決定一探究竟，元太他們為了讓柯南露出無話可說的表情而干勁滿滿。在調查了倉庫內部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機關的猜想被光彥等人否認，難道妖怪倉庫真的存在？

柯南并沒有從步美找到的照片中發現重要的線索，便將破案的關鍵再次鎖定日記，仔細反復查看之后，柯南發現了其中的端倪，于是，他再次來到琴房確認自己的發現，沒想到步美等人放在門口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱歡快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來。

小五郎受到一個名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來到群馬縣調查真相，途中他們遇見了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯系？辰彥父親同時也是約見地點光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

園子的網球教練后藤貴雄即將參加比賽，為了給他加油打氣，園子和小蘭來到了北輕井沢，柯南去廁所的時候，發現后藤與兩名女生糾纏不清。沒想到他在和園子進行男女混合雙打時突然昏倒在球場上，警方介入調查并初步斷定后藤被人下了毒，由于鑒識人員在園子手套上檢測出毒物反應，所以山村警官認定園子就是兇手，為幫園子洗清冤屈，柯南又會有何行動？