為了消除基德偽裝成他人的可能，少年偵探團(tuán)分別承擔(dān)起了看守四個臺座的重任，就在這時，屋內(nèi)突然停電，只能聽見電流嗞嗞的聲音以及窗外吹進(jìn)的風(fēng)的呼呼聲，屋內(nèi)很快恢復(fù)了光亮，但大家發(fā)現(xiàn)在這短短的一分鐘內(nèi)，基德不動聲響的將柯南電暈打開中間的立柱盜走了麒麟角，灰原發(fā)現(xiàn)這四個臺座分別代表了四神獸，這或許與三水吉右衛(wèi)門刻在柱子上的話相關(guān)，在沒有柯南的幫助下，少年偵探團(tuán)能否找到被盜的麒麟角？

園子的網(wǎng)球教練后藤貴雄即將參加比賽，為了給他加油打氣，園子和小蘭來到了北輕井沢，柯南去廁所的時候，發(fā)現(xiàn)后藤與兩名女生糾纏不清。沒想到他在和園子進(jìn)行男女混合雙打時突然昏倒在球場上，警方介入調(diào)查并初步斷定后藤被人下了毒，由于鑒識人員在園子手套上檢測出毒物反應(yīng)，所以山村警官認(rèn)定園子就是兇手，為幫園子洗清冤屈，柯南又會有何行動？

游戲公司社長的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車擺脫了警方的追擊，帶柯南來到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開始懷疑這個為自己負(fù)傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！

案件終于有了眉目，就在柯南和大和針對謎題展開討論時，高明從昏迷中蘇醒，三人一起計劃了一出空城計。他們故意對三個嫌疑人放出關(guān)鍵信息，引誘他前去直木司郎家找重要的證據(jù)，果然不所料兇手暗中潛伏在直木司郎家附近，為了讓狡猾的他放松警惕，柯南聯(lián)合小蘭、大和等人上演了一場能證明周遭沒有警察的犯罪戲碼，引誘兇手自投羅網(wǎng)。

小五郎為錄制日賣電視臺的旅游節(jié)目來到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發(fā)生奇怪的事件，柯南發(fā)現(xiàn)這些案件的發(fā)生與宮島七大不可思議傳說相對應(yīng)。途中，大家結(jié)識了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調(diào)查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關(guān)聯(lián)？