在靜岡縣寫小說的推理作家海棠千賀小姐招待毛利小五郎來她住的別墅，希望小五郎分享關(guān)于名偵探的辦案經(jīng)驗，沒想到見面后卻沒有要聽小五郎分享的意思，而是一直在說自家人內(nèi)部的矛盾。次日早上醒來的柯南等人發(fā)現(xiàn)海棠一家還沒起床，再到臥室后才發(fā)現(xiàn)海棠夫婦以及海棠小姐的徒弟幸子小姐全部都被毒殺。

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請下，少年偵探團的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機關(guān)，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們在宅邸四處參觀時突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。

和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個皮包，打開之后里面竟是3千萬的巨額鈔票，沒過多久鈔票的失主平沼先生便來到了警局。經(jīng)過調(diào)查之后高木警官發(fā)現(xiàn)平沼先生丟錢的時間有所出入，仔細觀察后的柯南得出了結(jié)論，平沼先生是在早上故意將錢放在路上，而他想把錢交給的則是有著晨跑習(xí)慣的笹本小姐，但他的用意卻讓眾人很困惑。

柯南已經(jīng)從對三位女性的拜訪中知道了真正的兇手，情奈小姐敷衍并粗糙的犯案手法讓柯南非常擔心她事后會做出傻事，但柯南推理中的疏忽讓兩人陷入了危機。持槍的劫犯挾持柯南和情奈駕車逃跑，知道了情況的眾人都緊跟其后，最終世良出手救下了柯南，在營救過程中安室和昴撞了個照面，而兩人都露出了詫異的表情。

阿笠博士住在鄉(xiāng)下的老友龍?zhí)赡抢飫偤糜性麄兿胍纳钌介毙蜗x，在柯南等人捉蟲回來時卻發(fā)現(xiàn)龍?zhí)纱笫宓乖诹说厣希T口的佛像也不翼而飛，再留下“深山楸形”幾個字后龍?zhí)杀銜灹诉^去。與龍?zhí)捎型恋剡吔鐔栴}糾紛的周平和時常會偷盜佛像的慶都因與“深山楸形蟲”有關(guān)系而被懷疑，經(jīng)過調(diào)查而前往道之站的柯南認為兇手另有其人。