為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

就在所有人驚訝于晶子之死時(shí)，樸之木匆忙跑來(lái)說(shuō)漫畫家比良坂也死在了房間中，于是，小五郎、柯南等人急忙趕到現(xiàn)場(chǎng)，這又是一起密室殺人，詭異的是這個(gè)房間的門口堆滿了被撕碎的小煌小姐的海報(bào)碎片，警方展開調(diào)查并對(duì)別墅里的所有人進(jìn)行偵訊，八川談到了澤南被殺的命案，以及比良坂、澤南和樸之木受到不明人士威脅的事情，難道這與此次的密室殺人案有關(guān)系？澤南死前所留下的死亡訊息又隱藏著什么意義？

柯南、小蘭和小五郎在咖啡廳結(jié)識(shí)了一名叫高畑響子的女士，她從警察那里得知的妹夫福島意外死亡后就匆忙趕回家中，現(xiàn)場(chǎng)除了尸體還有散彈槍和墜落的吊燈，警察準(zhǔn)備以意外事件結(jié)案，但身為死者同學(xué)的千葉警官卻認(rèn)為事情沒有那么簡(jiǎn)單，他和同樣持有懷疑態(tài)度的柯南暗自展開了調(diào)查，不出所料這果然是一起有預(yù)謀的殺人事件！

小五郎曾抓捕過(guò)的殺人犯富樫文孝，在假釋的第二天再次因?yàn)闅⑷吮蛔ミM(jìn)了警局，小五郎深信決定重現(xiàn)做人的他不會(huì)再做出這種殺人的事情，便在偵訊室里勸導(dǎo)他說(shuō)出真相，可是富樫卻一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次來(lái)到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，根據(jù)目擊者的證詞以及附近便利店的監(jiān)視影像，柯南發(fā)現(xiàn)事情的真相并非那么簡(jiǎn)單，因?yàn)榘赴l(fā)現(xiàn)場(chǎng)除了富樫還有另外一個(gè)人。

小五郎為錄制日賣電視臺(tái)的旅游節(jié)目來(lái)到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發(fā)生奇怪的事件，柯南發(fā)現(xiàn)這些案件的發(fā)生與宮島七大不可思議傳說(shuō)相對(duì)應(yīng)。途中，大家結(jié)識(shí)了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調(diào)查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關(guān)聯(lián)？