隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒想到這時(shí)卻……

大金和港南高中的比賽如火如荼的進(jìn)行著，坐在一旁的大龍警官看著這些在賽場(chǎng)上揮灑汗水的年輕人不禁懷念起了曾經(jīng)為棒球而努力的自己，然而這個(gè)地方有人愛自然也有人恨，這時(shí)，被人遺落在服部腳邊的手機(jī)響起，沒想到這竟然是一通恐嚇電話，這個(gè)自稱甲子園惡魔的人讓服部在比賽結(jié)束前，找到他在觀眾席留下的三支寫有線索的手機(jī)以及他自己的的位置，否則后果不堪設(shè)想，情況危急，服部，柯南和大龍警官便在這茫茫幾萬人的球場(chǎng)中展開了搜查。

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

小五郎因?yàn)槭車?guó)友家的執(zhí)事赤冢的委托，幫助他們解開惡靈的詛咒而來到國(guó)友家的公館。隨后，柯南他們面對(duì)的是公館收到的謎樣的卡片和在4號(hào)多次發(fā)生的奇怪事件。主人國(guó)友淳大再次請(qǐng)求他們?cè)诠^內(nèi)重復(fù)調(diào)查。晚飯后，呆在2層房間的柯南他們，卻發(fā)現(xiàn)了在3樓的陽(yáng)臺(tái)上吊著的安全公司經(jīng)理關(guān)口先生的尸體。

柯南和元太等人在外玩耍時(shí)，遇到了三個(gè)對(duì)蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養(yǎng)的毒蜘蛛，這時(shí)，系川打電話給新野教授，可對(duì)面卻傳來一聲慘叫。待大家到達(dá)研究所時(shí)，教授已經(jīng)身亡，雖然柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了毒蜘蛛，卻并沒有找到相應(yīng)的血清，并且他還發(fā)現(xiàn)有人對(duì)電話動(dòng)了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識(shí)的這三名蜘蛛愛好者都有殺人的動(dòng)機(jī)，兇手一定就在他們之中。