柯南等人在警視廳鑒證連續(xù)發(fā)火現(xiàn)場(chǎng)遺留的紅馬現(xiàn)場(chǎng)照片，發(fā)現(xiàn)其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國(guó)志中出現(xiàn)的赤兔馬。另一方面，古董品店長(zhǎng)玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關(guān)羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調(diào)查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發(fā)覺(jué)了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯(lián)手調(diào)查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現(xiàn)在滿月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開始了對(duì)整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來(lái)的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒(méi)錯(cuò)，兇手確實(shí)與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫(yī)生便尾隨其后，車子一直開到碼頭，茱蒂下車揭露出他的真實(shí)身份，而這個(gè)人就是寄信給柯南和小五郎同時(shí)也是她殺父仇人的蓓摩特。

柯南和小蘭跟著小五郎來(lái)到關(guān)門海峽，還在這里認(rèn)識(shí)四個(gè)高中時(shí)代就是同學(xué)的年輕人，沒(méi)想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過(guò)面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場(chǎng)證明，偵訊過(guò)后四個(gè)人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠(yuǎn)足，目擊了在山頂管理事務(wù)所工作的平井高也從山崖上掉下來(lái)。他們急忙到崖下去看時(shí)，平井已經(jīng)死亡。同事務(wù)所工作的近藤英一郎說(shuō)本來(lái)應(yīng)該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發(fā)現(xiàn)這不是突發(fā)事故而是一起殺人事件！而在調(diào)查之后柯南也發(fā)現(xiàn)了兇手的真實(shí)面目以及犯罪手法！

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉(cāng)先生被人襲擊了。永倉(cāng)先生雖然沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰(shuí)卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來(lái)的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺(jué)這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。