霧之峰賓館的主人寺院晚上開車出去兜風，第二天在停車場發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經死了。在調查的過程中發(fā)現(xiàn)每個人和寺院似乎都有過節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點，而停車場看守的證詞又增加了疑團。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當場演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

在解開頭發(fā)的假象之后警方開始全面調查旅館。柯南推理出了犯人的犯罪手法之后提示小五郎和山村刑警發(fā)現(xiàn)報紙里登載的相撲戰(zhàn)績的秘密。之后在眾人的設計中兇手露出馬腳被抓現(xiàn)行。而犯案的動機也是因為五年前搶劫案后劫匪之間的分在不均所引起的。雖然犯人一再的否認但遺留在燈上被壓在灰塵之下的指紋卻說明了一切，罪犯最終承認罪行。

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調查與警方發(fā)生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對派的代表同村長為代表的贊成派一直有沖突。此時村長船木出現(xiàn)并提出委托費為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進入神社的蘭的尖叫聲！？

警方從案件相關人的口中得知，一年前被害者曾在這個停車場撞死過一個小男孩，之所以出現(xiàn)車禍就是因為當時被害者穿著厚底鞋而無法及時剎車，一番追查后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是……與此同時，只身在百貨公司內的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓里很難鎖定園子的位置，危機時候，目暮警官及時出現(xiàn)擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數日后，大家一起去醫(yī)院看望目暮警官時，從松本那里得知了目暮警官的秘密。

少年偵探隊本來是跟著阿笠博士一起出來露營，沒想到居然在森林中發(fā)現(xiàn)了一個鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進洞探險，卻在這里碰到了一伙兒搬運尸體的歹徒，而柯南為了掩護大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來，失去了柯南的指引，少年偵探團剩下的三人會采取什么樣的行動？