毛利偵探事務(wù)所來(lái)了三個(gè)委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉(cāng)，三人是不同游戲公司的職員，受板倉(cāng)委托開(kāi)發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來(lái)的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)板倉(cāng)已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉(cāng)被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠(yuǎn)足，目擊了在山頂管理事務(wù)所工作的平井高也從山崖上掉下來(lái)。他們急忙到崖下去看時(shí)，平井已經(jīng)死亡。同事務(wù)所工作的近藤英一郎說(shuō)本來(lái)應(yīng)該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發(fā)現(xiàn)這不是突發(fā)事故而是一起殺人事件！而在調(diào)查之后柯南也發(fā)現(xiàn)了兇手的真實(shí)面目以及犯罪手法！

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉(cāng)死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒(méi)有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒(méi)有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來(lái)了電話，小蘭在電話里說(shuō)明了現(xiàn)場(chǎng)的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過(guò)便利店的廁所。但是，貨物不見(jiàn)的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長(zhǎng)以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

在警方調(diào)查的過(guò)程中，他們還在下鴨的房間發(fā)現(xiàn)了一盤由絹川和輝主演的錄影帶，本來(lái)想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細(xì)節(jié)，這時(shí)，有鑒識(shí)人員說(shuō)兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據(jù)這些判斷出兇手是誰(shuí)以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應(yīng)準(zhǔn)備后，一場(chǎng)精彩的推理就要開(kāi)始了！