異常點出現在金融大亨家的公寓里，來取文件的助理勞埃德出于好奇穿過了異常點，可是他卻不小心感染了某種真菌，這種真菌的侵略性極強，凡是接觸到它的人最終都會完全被細菌所吞噬變成可怕的真菌怪物。丹尼獨闖異常點研究中心，并毅然帶領著大家一起與這種真菌做斗爭，最終取得了勝利。萊斯特任命丹尼為異常點研究中心的負責人，接替卡特的工作。

又一個地方發現了遠古生物殺害人類的事件，Cutter等人義不容辭的參與真相調查。被害人是在泳池被一個類似鱷魚的巨型生物吞下，其殘骸竟然在30公里以外的海域被發現，處處充滿危險，情況非常緊急。通過一系列調查，在海域附近發現了一些線索，Cutter等人相信在這片海域下面一定存在通向遠古的異常點。Cutter帶人下水查看，總算找到了異常點， Connor 和Abby二人在岸邊卻遭到怪獸攻擊，差點喪命。一個普通公民家里的地下室突然被水淹沒，似乎被怪獸侵入，并且導致一名工人被襲擊，令人更加意外的是竟然還發現了當時在海域失蹤的特種潛水員的尸體。Stephen突然記起自己受傷時的一些事情，包括在朦朧中見到Helen，Cutter 再次萌生想進入異常點尋找妻子Helen的想法。在獲得政府相關官員允許后，Cutter 獨自一人進入了水底的異常點，來到了遠古時代。不出所料Cutter見到了思念已久的妻子，對妻子八年來的所作所為，Cutter 非常不解，Helen想要Cutter和自己并肩戰斗，但Cutter卻一心只想把妻子帶回，Cutter最終還是將Helen留在了遠古時代，自己一人返回。不料途中遭到怪獸

住在養老院的貝奇姑姑中風了。克萊爾一大早就在廚房里忙著燒番茄湯，這是貝奇姑姑最喜歡喝的湯。讓她吃驚的是，一向要睡到中午才起床的海莉竟然也早早起來，不僅梳洗打扮連衣服都選得中規中矩，不像以前那樣性感撩人。聽到海莉是要去見阿爾文從倫敦過來的父親，克萊爾確定，這一次女兒終于有了真正的戀情。一家子帶著禮物來到養老院，其實沒人想見那個刻薄寡恩的老姑婆。在杰的婚禮上，她把杰的缺點說了個遍。克萊爾倒還好，米切爾看到她就像羚羊見到獵豹，尤其是她知道米切爾是同性戀后的反應，給米切爾留下了深深的心理陰影。大家只是出于對家庭成員的尊重才來到這里，菲爾、格羅莉婭和卡梅隆更希望能去養老院對面的游樂園，見識一下里面的密室逃脫游戲。杰沒有同意他們的要求，因為他知道這三人在密室里會是什么情況。格羅莉婭必定是大吼大叫，菲爾會異常亢奮，卡梅隆則驚慌的手足無措。杰拉著所有人來到病房，出乎意料，病床上貝奇姑姑的臉上居然露出了微笑。似乎中風讓貝奇姑姑失去了部分記憶。她把格羅莉婭當成了杰的前任妻子迪迪，還忘了米切爾已經出柜，也不記得自己脖子上的珍貴項鏈是從克萊爾那借來參加杰的婚禮，之后就沒還。在克萊爾和米切爾想辦法讓姑姑恢復記憶

14年前，3個男孩兒偷偷溜進一座被廢棄的房子里玩耍，奇異的事件發生了，兩個男孩兒離奇失蹤，只有一個名叫賴安·梅森的孩子留了下來，然而人們卻一直認為賴安是傷害其他兩個孩子的兇手。其中一個失蹤男孩兒的哥哥警官丹尼·奎恩一直關注著這座廢棄的房子，想搞清楚事實的真相。而此時，卡特的異常點預測也指向了這座房子。珍妮帶領艾比和康納來到了這座所謂的兇宅，發現了善于偽裝的遠古怪物，就在大家全力與怪物搏斗時，異常點開啟了，怪物恰在此時走進了它等待了14年才開啟的大門，回到了它原本生活的地方。

"中出現的高智慧未來生物！Lester平日里一副不經事的模樣，此時此刻卻表現得異常英勇。最終，在猛犸象的“幫助”下，兩個未來生物都被殺死了。 趕回來的Cutter與Connor等人開始破譯Leek的個人檔案，但是他們萬萬沒有想到——他們又中了Leek的詭計，一個定時炸彈被啟動了，異常點研究中心危在旦夕！不過，聰明的Cutter在最后關頭阻止了炸彈的爆炸。隨后，Cutter發現那些未來生物被安裝了遙控控制器，于是叫Connor用異常點探測器檢查遙控信號的源頭。Lester堅持要求軍方控制局面，禁止 Cutter等人參與行動。但是Connor用異常點探測器找到了Caroline的手機信號，于是決定和Abby一同去尋找被“綁架”的Rex。閑得無聊的Cutter也跟了過去，順便拉上了無事可做的Jenny。 當眾人跟蹤Caroline的手機信號來到一個廢棄倉庫時，等待他們的卻不是Caroline，而是Leek和他荷槍實彈的雇傭兵！還有Helen！還有……第二季中出現過的所有遠古（未來）生物！ 一只兇猛的怪獸大軍已然形成，世界將陷入一片混亂。在這個關鍵時刻，有一個人挺身而出，成了最關鍵的人物……究