為了慶祝由貴的朋友澤口圭子的生日和留學而召開了慶祝派對，小蘭，柯南和小五郎也被邀請參加。除此之外參加者還有圭子，還有富堅順司和野中一樹。但是在派對開始不久，喝下葡萄酒的圭子卻突然倒下！警方在檢查圭子的酒杯后發現毒藥，而下毒的方法卻成了謎題。柯南在充分調查之后最終發現了犯人下毒的手法。

小五郎受委托調查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機會。而在案件調查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

柯南與少年偵探團與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見在看電視轉播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉會而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而這個赤野在支持者混雜的電車內被殺害了。在柯南等各位少年偵探團的幫助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此時灰原卻默默的走離人群？

柯南在新出醫院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當晚，大家在老先生的房中等鬼出現時，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

受園子的邀請，柯南、蘭、小五郎到輕井澤游玩。因為在森林中迷了路，所以決定在山里的一軒家借宿。在那里，遇見了白天見到的網球教練明石寬人。但是，夜里，卻發現了寬人的父親巖夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也發現從尸體嘴里留下的不正常血跡。之后眾人還得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑團也越來越多。