原來(lái)這個(gè)叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強(qiáng)盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號(hào)房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無(wú)一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂(lè)號(hào)也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過(guò)今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點(diǎn)之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點(diǎn)燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有奇怪語(yǔ)句的紙鈔，這時(shí)，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見(jiàn)一具尸體。

收到市川產(chǎn)業(yè)的會(huì)長(zhǎng)的委托而且參加了在會(huì)長(zhǎng)家開(kāi)的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調(diào)查了會(huì)長(zhǎng)的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時(shí)卻不慎被人暈倒，當(dāng)他起來(lái)趕往會(huì)場(chǎng)的時(shí)候市川卻因?yàn)橥话l(fā)心臟病倒地身亡。但市川真的是因?yàn)橥话l(fā)心臟病死亡卻引發(fā)了市川的女兒們的爭(zhēng)論。而從包里搜出的注射器的一重也成為了頭號(hào)嫌疑犯。但在柯南推理下最終發(fā)現(xiàn)了真兇的身份。

在流水亭吃飯的時(shí)候，柯南再次遇到謀殺案件，死者是繩文大學(xué)的新井副教授，同行的兩人金田和巖間表示他們是為了慶祝新井晉升才來(lái)流水亭，調(diào)查后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)可疑人物出現(xiàn)在新井遇害的八號(hào)房，而當(dāng)時(shí)金田和巖間也都有不在場(chǎng)證明。但一切瞞不過(guò)柯南的眼睛，在查看了金田和巖間所在的三號(hào)房和送飯用的船只后，找到了兇犯難以逃脫的鐵證。

柯南等人來(lái)到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因?yàn)檫@里要開(kāi)發(fā)觀光而導(dǎo)致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭(zhēng)執(zhí)，次日，觀光公司的社長(zhǎng)小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說(shuō)一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會(huì)嘗到惡果。在對(duì)尸體及其周圍調(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)。

某天，小五郎收到一封請(qǐng)求信，一個(gè)叫中村操的人說(shuō)他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個(gè)別墅確實(shí)充滿謎團(tuán)，大門(mén)扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見(jiàn)動(dòng)物時(shí)鐘，所有數(shù)字型時(shí)鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時(shí)鐘里出來(lái)的恐怖妖怪，解開(kāi)這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？