這個安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無辜公民的綁著炸彈的那個男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡訊，根據目擊者所說傳簡訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時候發現赤井已經離開了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動。

柯南他們在米花百貨大樓里遇到了一個被不明人士綁滿炸彈的男人，他說歹徒的目的是為了抓住每周給他寄紅色t恤的人，如果找不到那個人，歹徒將引爆散落在各處的炸彈，面對如此危機的狀況，柯南將如何應對？與此同時，貌似赤井秀一的燒傷男性也出現在了這棟大廈中，他給茱蒂老師留下“此處有危險”的訊息后消失不見，而得知赤井出沒米花百貨消息的黑衣組織也展開了行動，這個人真的是赤井秀一嗎？

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時來了一輛前往東京的車子，車主是一對古怪的情侶，并且灰原還在車內發現了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對情侶說要找到柯南把他弄個半死之類的話，驚恐的灰原趁機打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對情侶抓個正著，這兩個人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

警方在將這三個嫌疑人分開偵訊之后，又在死者的包里發現了一把手槍和強盜集團百鬼夜行留下的字條，并從小島權作的秘書那里得知，他舉辦此次活動是為了尋找殺死自己愛犬的同叫小島的強盜頭目，于是柯南利用與死者相同的方法找出兇手，雖然證據被銷毀，但他巧施妙計讓兇手自己主動承認了罪行。

為了陪光彥把壓歲錢存進賬戶，柯南、步美和灰原等人一起來到帝都銀行，可元太因為吃太多胃痛了起來，就在博士和灰原外出買藥期間，一波帶著面具的搶匪突然闖進銀行，前來取錢的茱蒂老師以及一名貌似赤井秀一的人也成為了他們的人質，雖然茱蒂用美人計在廁所獨立擊倒一名搶匪，卻不幸被同伙發現，事已至此，少年偵探團成為了將徒制服的唯一希望！