服部、和葉來(lái)到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來(lái)自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說(shuō)幾天前寺里來(lái)的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來(lái)時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線(xiàn)索，就在他們離開(kāi)之前小和尚傳久說(shuō)屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒(méi)有，難道這都是傳久的幻覺(jué)？

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車(chē)逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒(méi)想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槲迥昵八羞^(guò)含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時(shí)也找到了他的不在場(chǎng)證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。

柯南他們很快就找到了被害者們常去的麻將館，并從老板那里得知，曾有一個(gè)叫鬼保獨(dú)郎的人與平棟堂次發(fā)生過(guò)沖突，抓到嫌疑犯后，高木警官便前去找曾聽(tīng)到兇手聲音的鍋井永貴做指認(rèn)，沒(méi)想剛進(jìn)門(mén)就被人打昏。另一邊，柯南因?yàn)椴矫酪痪渫嫘υ?huà)，突然想通了Z的含義并說(shuō)兇案早在十五年前就結(jié)束了，此次兇案的發(fā)生不過(guò)是模仿犯所為而兇手就在被害者的家屬之中。

小蘭和園子去吃帶上小學(xué)生才能打折的巨龍之山奶油圣代。柯南覺(jué)得無(wú)聊去商場(chǎng)廁所時(shí)看到了高木、千葉和5歲的人質(zhì)結(jié)誠(chéng)佳代子的媽媽。柯南去地下停車(chē)場(chǎng)解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當(dāng)人質(zhì)劫車(chē)帶走。小蘭找來(lái)了毛利小五郞救柯南。車(chē)上，柯南得知大嶺在涉谷開(kāi)搶殺了柔道黑段、經(jīng)常拖欠工人工資而引發(fā)金錢(qián)糾紛的恩田和美。原因是替開(kāi)發(fā)過(guò)許多游戲卻沒(méi)得到應(yīng)得數(shù)目的工資的朋友金山報(bào)仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對(duì)柯南開(kāi)槍?zhuān)髱X救了柯南，柯南找來(lái)阿笠博士幫忙掩護(hù)。在毛利的調(diào)查中，幕后嫌疑人有三個(gè)。。。