小芳自首，表示自己殺死了姐姐。紀曉嵐責怪小月擅自將海升之事告訴小芳，將事態嚴重化。貴寧、賈三光天化日要劫走香兒，香兒在廝打中不慎撞死。當聽說逃走的打手是長了四指的任五，紀曉嵐豁然開朗。得知小芳就是昔日選秀時大鬧順貞門的人，乾隆派紀曉嵐和綿恩重審小芳。小芳公堂之上自欖罪責，紀曉嵐讓海升與其對質，海升與小芳爭相認罪，紀曉嵐與和珅陪乾隆去戒臺寺。方丈受紀曉嵐委托。將李二原本為一村夫野漢，卻因得到官宦輔佐而搖身一變成為活佛的真相告知乾隆。紀曉嵐發現任五藏匿在此。在豆腐坊無意中得知黃豆受潮發芽的力量足以頂動石頭而得出佛像破土而出是因為土中埋有黃豆的結論后，紀曉嵐找到綿恩，讓其派兵捉拿李二以及任五。

和珅與齊蘇圖懷疑紀曉嵐是裝瘋。為了檢驗藥性，齊蘇圖抓來洪仁，用他做實驗，結果發現確實靈驗。小月看出已經被毒黑的碎銀可能是證據，于是細心保存起來。銀妃用銀票討好太后，以求太后給乾隆施加壓力，替齊家隱瞞罪證。厲春梅為古大力的安危擔心，古大力表示會努力讓厲家姐弟過上好日子。乾隆要懲治齊家，與小月來到工地冒充民工，救下了正要被齊家滅口的古大力等工匠。紀曉嵐趁杏兒做飯的工夫離家出走，走至厲家門口時被追殺工匠的齊家馬車撞倒。厲家姐弟將紀曉嵐扶回家療傷。乾隆和小月將工匠們帶到一荒廟，讓他們在此落腳。古大力對乾隆和小月的身份很是懷疑。為防不測。古大力帶領眾民工挖了一條暗道。紀曉嵐無意中得知遺失的兩枚元寶就在厲家姐弟手里，佯裝可以教厲小春識字而留在厲家。和珅見洪仁的病情越發厲害，于是讓劉全殺其滅口。小月和杏兒碰到了正趕車去郊外殺人滅口的劉全，小月感到其中有蹊蹺，于是將洪仁救回家。

懾于群臣的偏見和太后的重壓，皇上就莫愁之事做了妥協，但把心中郁悶從此變得喜怒無常。紀曉嵐對皇上失信于人，始亂終棄的懦夫行為大加評擊針貶。 為平復心牢騷怨氣，皇上便服登臨紀府，偏遇沒心沒肺的三姑漫無邊際地胡吹亂侃，搞得更是心神不寧。有關莫愁的話題又格外刺傷了皇上的隱痛。紀決心舍江山娶莫愁。這一想法使得太后和朝中大臣大為恐慌。 紀曉嵐雖厭惡和卻憐愛其子豐紳殷德，請太醫療治他因傷失明的雙眼。小月感念公子純良，又是為國殺敵的功臣，殷勤服侍，表示愿放棄軍豪而與豐紳殷德廝守終生。軍豪亦親自吹奏起歡快喜慶的樂曲，為二人婚事祝福。豐紳殷德則表示不能奪人所愛，接受憐憫。 太后為避免皇帝遜位，勉強恩準莫愁入宮，但條件卻是要她墮去腹中之胎。莫愁、皇上難以接受，決意遠走高飛。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。