經過調查警方并未在拉面里發現毒物反應，反而在被害者的衣服內側以及他隨身攜帶的物品中發現毒物，據拉面店老板說這也可能是西津打算逼走他們而準備放在拉面里的毒藥，不想卻害死自己的意外事故，這種說法得到了目暮警官的認可，就在他準備以自殺或意外結案的時候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

在小蘭的跆拳道社學姐鏡堂奈奈美的邀請下，少年偵探團的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設下了各式各樣的機關，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領他們在宅邸四處參觀時突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。

通過大和警官對若松社長死訊的調查，已經被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調查仰慕若松社長的人，一方面開始調查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒被檢查的社長夫人卻死在了自己的房間里。

為了補償先前被卷入鈴木號特快車內發生的恐怖事件，園子邀請毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以網球特別教練的身份也出現在那里，被球拍砸到的柯南不幸受傷，簡單的治療之后他被帶到附近網球社成員的別墅休息，當他醒來時卻發現房間里有一具不自然的尸體。

為了完成寫生作業的少年偵探團來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關聯。正當柯南等人詢問高木警官時UFO的主人小沼博士出現了，在調查研究所時發現了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。