目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢(shì)原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

高木警官突然來電要找柯南，他說柯南是殺人事件的知情人。畫家北園青峰下午三點(diǎn)半左右在家被人殺害， 警方為了確定嫌疑人之一北園先生的弟子西山大樹的不在場證明把柯南叫來，因?yàn)槭掳l(fā)當(dāng)日西山將柯南和朋友們作為模特畫了一幅風(fēng)景畫。北園先生的兩位弟子和妻子都似乎與北園先生有過糾紛，這次的案件讓警察們陷入困局。

不久，王聰聰父親來找魏老師要求轉(zhuǎn)學(xué)，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺得秋實(shí)小學(xué)的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽到非常驚訝，好不容易建立起來的友誼現(xiàn)在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會(huì)。一天，米小圈的父親接到一個(gè)電話，是王聰聰父親打來的，兒子被帶回家自學(xué)，將自己關(guān)在書房很多天，不吃不喝，只提出要見米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個(gè)鬼臉做完，王聰聰變又樂不可支了。經(jīng)過這件事，王聰聰父親開始反省自己平時(shí)給米小圈的壓力太大，準(zhǔn)備今后帶他經(jīng)常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時(shí)在父親的高壓下學(xué)習(xí)，差點(diǎn)造成抑郁。而米小圈的父親覺得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對(duì)滿墻的獎(jiǎng)狀，他也開始反省，是不是自己“散養(yǎng)”的教育方式才讓米小圈沒有王聰聰優(yōu)秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學(xué)宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬萬沒有料到，父親訂單的旅游景點(diǎn)是在中國，并且標(biāo)準(zhǔn)的農(nóng)家樂，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國資本家阿曼達(dá)，柯南和灰原推測(cè)這是組織所為，但羽田浩司遇害時(shí)的房間卻不像是組織的一貫風(fēng)格。地產(chǎn)公司社長被害時(shí)手里拿著阿笠博士發(fā)明的剪刀，目暮警官請(qǐng)阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。