園子和小蘭購(gòu)物結(jié)束坐公交的時(shí)候，有一位自稱(chēng)是設(shè)樂(lè)的老人坐在了小蘭旁邊，他說(shuō)自己認(rèn)識(shí)小蘭并打算去趟毛利偵探事務(wù)所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來(lái)的時(shí)候老人已經(jīng)離去，可是小蘭卻很擔(dān)心老人的安危，執(zhí)意要去公車(chē)站找老人，這時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)小蘭的包里多了一張磁片，這張機(jī)密磁片的內(nèi)容到底是什么？老人又到底去了哪里？

原來(lái)幸田把從寶石店里偷來(lái)的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過(guò)來(lái)時(shí)幸田稱(chēng)寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開(kāi)整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說(shuō)明了早苗鎖在的地點(diǎn)。

原來(lái)這個(gè)叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強(qiáng)盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號(hào)房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無(wú)一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂(lè)號(hào)也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過(guò)今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點(diǎn)之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點(diǎn)燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有奇怪語(yǔ)句的紙鈔，這時(shí)，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見(jiàn)一具尸體。

在放學(xué)回家的路上，柯南和灰原發(fā)現(xiàn)了黑衣組織中金恩的車(chē)子，柯南在車(chē)上裝了發(fā)信器和竊聽(tīng)器進(jìn)行跟蹤，但被金恩發(fā)現(xiàn)，他也因此察覺(jué)到灰原的存在。柯南和灰原根據(jù)竊聽(tīng)器聽(tīng)到的地址，來(lái)到金恩和匹斯可等人要進(jìn)行殺人計(jì)劃的杯戶(hù)飯店，這里正舉行電影導(dǎo)演的追悼會(huì)，在放映幻燈片期間，政客吞口重彥被殺。

少年偵探團(tuán)不小心將棒球打到隔壁別墅的院子里，撿棒球的時(shí)候卻被別墅的主人綿貫義一趕了出來(lái)，在回到偵探事務(wù)所的路上，大家碰到一個(gè)跟假面超人里鼴鼠星人很像幸田正夫先生，他說(shuō)他妹妹一個(gè)月前突然下落不明，一定是被綿貫殺掉埋在院子里，待他離開(kāi)后。少年偵探團(tuán)偷偷溜進(jìn)院子挖尸體，這時(shí)，珠寶店發(fā)生搶劫案，兇手正是幸田正夫，他的目的到底是什么。