某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲時(shí)看到有警車在附近停靠。為打探消息柯南他們隨即趕往現(xiàn)場(chǎng)。根據(jù)高木刑警的敘述得知，獨(dú)自生活的一位老人被殺。利用午休時(shí)間，高木等人來到學(xué)校。據(jù)說昨晚，有個(gè)少年剛巧目擊了犯罪經(jīng)過警方隨即來尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭一，但是圭一卻不承認(rèn)看到過犯人。

牛迂的死因是喝了摻進(jìn)氰化鉀的綠茶后中毒身亡。神奈川縣的橫溝警官發(fā)現(xiàn)裝著氰化鉀的瓶子翻倒在尸體下。然而牛迂打開了綠茶的瓶蓋后沒人再碰過，因而他斷定這是自殺案件。但柯南卻對(duì)此很懷疑。之后柯南發(fā)覺元太的舉止很古怪，于是調(diào)查三瀨等人的車內(nèi)垃圾，找到了決定牛迂絕他殺的證據(jù)。犯人也最終承認(rèn)了自己的罪行。

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識(shí)，再次認(rèn)錯(cuò)人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動(dòng)物園的廣播站尋人，可依舊沒有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過？這時(shí)，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說辭，破解暗號(hào)，來到了相約之地……

小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術(shù)師星河童吾的奇幻魔術(shù)秀，在表演水中脫逃的時(shí)候，和葉和小蘭以為魔術(shù)失敗，便沖向舞臺(tái)準(zhǔn)備救人，卻沒想到這只是為了營(yíng)造舞臺(tái)效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來到后臺(tái)，并在這里遇到范田和姬宮，原來他們都是十年前失蹤的魔術(shù)師正影的弟子，之后，他們四人受邀來到了正影家，可就在這短短的時(shí)間內(nèi)竟然發(fā)生了命案。

因接到電視臺(tái)的邀請(qǐng)，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到?jīng)_繩，參加一個(gè)與職棒選手能勢(shì)和主持人本山對(duì)談的節(jié)目錄制。在機(jī)場(chǎng)與本山會(huì)合之后，一行人打算去能勢(shì)下榻的酒店接他，沒想到卻在半路發(fā)現(xiàn)了能勢(shì)的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認(rèn)定他就是兇手，可能勢(shì)死亡的時(shí)候，他正在飛機(jī)上，因此有充分的不在場(chǎng)證明，那么，他到底是如何往返于兩個(gè)地方犯案的？