日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點。靈岸家與舞濱家距離有一個多小時的車程，舞濱龍二到底是怎么錯過時間差實施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

混凝土殺人事件還未解決網上就已經鬧得沸沸揚揚，說是案件真兇是外星人而警察在故意隱瞞外星人的存在，將案件告訴過毛利小五郎的千葉警官為此被訓斥了一番。柯南可以確定的是這起案件是人為的殺人事件，在走訪犯罪嫌疑人朽木后柯南有了線索，到底朽木是用什么方法殺了被害人呢？

為了打開藏有珍貴月長石的機關盒，鈴木次吉郎準備在鈴木大圖書館將機關盒展出，并邀請各界人士前來打開機關盒。同時，他也向怪盜基德發出了邀請，希望借此機會吸引基德并將其繩之以法。收到邀請函的基德如約而至，正當眾人專心致力于打開機關盒時，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機以動?？履夏芊耥樌页龌抡嫔?？

千葉警官在警局四處詢問有關“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務所，委托小五郎調查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發生殺人案件，這兩者是否有聯系？

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對待，大家都很慶幸有人殺了他。應當擔任與天城達也溝通協商的居委會會長番藤彥一死在了自己的家中，雖然現場布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點被咖啡廳的老板金滿豐子證實，她提出昨晚番藤根本就不會與天城見面。