少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

警方對(duì)酒廠的所有人一一進(jìn)行偵訊后，卻并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)時(shí)什么異常，但柯南卻提出了兩個(gè)疑點(diǎn)，即兇手為什么要把尸體搬走，又為什么在兩天之后暗中告訴警方尸體的位置。為了思考這兩個(gè)問(wèn)題，柯南想破了腦袋，直到他從換班休息的酒廠老員工哲田那里得知了以前的事情，隨后他冒充小五郎打電話(huà)給警方，讓他們調(diào)查一件事情，結(jié)果正好證實(shí)了他的想法，兇手一定就是那個(gè)人！

為調(diào)查真相，柯南又重返兩個(gè)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，沒(méi)想到會(huì)有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識(shí)人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個(gè)東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時(shí)所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……

柯南和元太等人在外玩耍時(shí)，遇到了三個(gè)對(duì)蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養(yǎng)的毒蜘蛛，這時(shí)，系川打電話(huà)給新野教授，可對(duì)面卻傳來(lái)一聲慘叫。待大家到達(dá)研究所時(shí)，教授已經(jīng)身亡，雖然柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了毒蜘蛛，卻并沒(méi)有找到相應(yīng)的血清，并且他還發(fā)現(xiàn)有人對(duì)電話(huà)動(dòng)了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識(shí)的這三名蜘蛛愛(ài)好者都有殺人的動(dòng)機(jī)，兇手一定就在他們之中。

小五郎帶柯南和小蘭去琴屋旅館泡溫泉，碰到了來(lái)這里商討拍攝新戲的電視臺(tái)和出版社代表，四處閑逛的時(shí)候，小蘭發(fā)現(xiàn)這里到處都是長(zhǎng)袖和服和腰帶，打聽(tīng)之后，得知了和服袖般若的傳說(shuō)。當(dāng)晚，旅館就發(fā)生了命案，模特柴崎明日香和畫(huà)家安西繪麻都被刺死，詭異的是現(xiàn)場(chǎng)竟然呈現(xiàn)出如傳說(shuō)中的場(chǎng)景一樣，難道真是鬼神所為？