柯南被小五郎拜托照顧一個叫圣誕的兩歲孩子，因為他的媽媽石川茂子最近總是被不明人士跟蹤，于是小五郎暗中進行保護，沒想到在茂子幫清潔公司送衣服是時候被人綁架，為解救人質(zhì)尋找更多的線索，柯南和圣誕來到他的家里進行調(diào)查，在一片狼藉的屋內(nèi)柯南發(fā)現(xiàn)了鳥的羽毛，這一定是從歹徒身上掉下來的，之后，他和圣誕一起展開了行動，最終柯南找到綁架犯，而這一切竟然是一場無聲的誤會！

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來，沒過一會，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時，從佐紀案發(fā)現(xiàn)場找到玻璃球的柯南等人也趕來宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當時不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動，這時，養(yǎng)子知晃說起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進行查看，沒想到魔犬再次出現(xiàn)。

為了消除基德偽裝成他人的可能，少年偵探團分別承擔起了看守四個臺座的重任，就在這時，屋內(nèi)突然停電，只能聽見電流嗞嗞的聲音以及窗外吹進的風的呼呼聲，屋內(nèi)很快恢復了光亮，但大家發(fā)現(xiàn)在這短短的一分鐘內(nèi)，基德不動聲響的將柯南電暈打開中間的立柱盜走了麒麟角，灰原發(fā)現(xiàn)這四個臺座分別代表了四神獸，這或許與三水吉右衛(wèi)門刻在柱子上的話相關，在沒有柯南的幫助下，少年偵探團能否找到被盜的麒麟角？

在參加大學校慶的柯南和小蘭等人遇到了殺人事件，就在警官要判定為自殺事件的時候，在柯南的引導下警方判斷此次為他殺事件。而安菜在小蘭她們進來之前已經(jīng)死亡，但此時如何讓桌子擺動的事情成為了破案的關鍵，而表演時站在安菜周圍的三人成了重點懷疑對象。經(jīng)過對現(xiàn)場的調(diào)查柯南很快發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法和犯人的身份，在確鑿的證據(jù)面前犯人最終承認了罪行，并說出了殺死安菜的理由。

這兩人竟然是長野縣警官上原由衣和大和敢助，他們此次前來的目的是讓柯南和小五郎幫忙破解沾滿鮮血的赤壁之謎！于是一行人來到案發(fā)的希望之館，這里曾經(jīng)住著六個很有才華的年輕人，自從三年前一名女性小葵心臟病發(fā)去世之后，她的丈夫明石周作就獨自一人留在館內(nèi)生活，可是他卻被人鎖在館內(nèi)的屋中活活餓死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡訊息，這時，大和警官的死對頭諸伏高明警官也來到館內(nèi)進行調(diào)查。